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Brunaud V, Balzergue S, Dubreucq B, Aubourg S, Samson F, Chauvin S, Bechtold N, Cruaud C, DeRose R, Pelletier G, Lepiniec L, Caboche M, Lecharny A. T-DNA integration into the Arabidopsis genome depends on sequences of pre-insertion sites. EMBO Rep 2002; 3:1152-7. [PMID: 12446565 PMCID: PMC1308325 DOI: 10.1093/embo-reports/kvf237] [Citation(s) in RCA: 116] [Impact Index Per Article: 5.3] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [MESH Headings] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/14/2022] Open
Abstract
A statistical analysis of 9000 flanking sequence tags characterizing transferred DNA (T-DNA) transformants in Arabidopsis sheds new light on T-DNA insertion by illegitimate recombination. T-DNA integration is favoured in plant DNA regions with an A-T-rich content. The formation of a short DNA duplex between the host DNA and the left end of the T-DNA sets the frame for the recombination. The sequence immediately downstream of the plant A-T-rich region is the master element for setting up the DNA duplex, and deletions into the left end of the integrated T-DNA depend on the location of a complementary sequence on the T-DNA. Recombination at the right end of the T-DNA with the host DNA involves another DNA duplex, 2-3 base pairs long, that preferentially includes a G close to the right end of the T-DNA.
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Affiliation(s)
- Véronique Brunaud
- URGV, UMR en Génomique Végétale (INRA/CNRS/Université Evry-Val d'Essonne), F-91057 Evry, France
| | - Sandrine Balzergue
- URGV, UMR en Génomique Végétale (INRA/CNRS/Université Evry-Val d'Essonne), F-91057 Evry, France
| | - Bertrand Dubreucq
- Laboratoire de Biologie des Semences, INRA, F-78026, Versailles, France
| | - Sébastien Aubourg
- URGV, UMR en Génomique Végétale (INRA/CNRS/Université Evry-Val d'Essonne), F-91057 Evry, France
| | - Franck Samson
- URGV, UMR en Génomique Végétale (INRA/CNRS/Université Evry-Val d'Essonne), F-91057 Evry, France
| | - Stéphanie Chauvin
- URGV, UMR en Génomique Végétale (INRA/CNRS/Université Evry-Val d'Essonne), F-91057 Evry, France
| | - Nicole Bechtold
- Station de Génétique et Amélioration des Plantes, INRA, F-78026, Versailles, France
- Usine des molécules recombinantes, 1020 route de l'église, bureau 600, Sainte Foy, Canada G1V 3V9
| | | | | | - Georges Pelletier
- Station de Génétique et Amélioration des Plantes, INRA, F-78026, Versailles, France
| | - Loïc Lepiniec
- Laboratoire de Biologie des Semences, INRA, F-78026, Versailles, France
| | - Michel Caboche
- URGV, UMR en Génomique Végétale (INRA/CNRS/Université Evry-Val d'Essonne), F-91057 Evry, France
| | - Alain Lecharny
- URGV, UMR en Génomique Végétale (INRA/CNRS/Université Evry-Val d'Essonne), F-91057 Evry, France
- Tel: +33 1 60 87 45 18; Fax: +33 1 60 87 45 10;
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