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Ceroni JRM, Dutra RL, Honjo RS, Llerena JC, Acosta AX, Medeiros PFV, Galera MF, Zanardo ÉA, Piazzon FB, Dias AT, Novo-Filho GM, Montenegro MM, Madia FAR, Bertola DR, de Melo JB, Kulikowski LD, Kim CA. A Multicentric Brazilian Investigative Study of Copy Number Variations in Patients with Congenital Anomalies and Intellectual Disability. Sci Rep 2018; 8:13382. [PMID: 30190605 PMCID: PMC6127201 DOI: 10.1038/s41598-018-31754-2] [Citation(s) in RCA: 1] [Impact Index Per Article: 0.2] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 03/09/2018] [Accepted: 08/21/2018] [Indexed: 12/13/2022] Open
Abstract
Genomic imbalances are the most common cause of congenital anomalies (CA) and intellectual disability (ID). The aims of this study were to identify copy number variations (CNVs) in 416 patients with CA and ID from 5 different genetics centers within 4 different states by using the Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) technique and to apply the chromosomal microarray (CMA) methodology in selected cases. The samples were analyzed by MLPA kits P064, P036, P070 and P250. Positive results were found in 97/416 (23.3%) patients. CMA was applied in 14 selected cases. In 6/14 (42.85%) patients, CMA detected other copy number variations not detected by the MLPA studies. Although CMA is indispensable for genotype refinement, the technique is still unfeasible in some countries as a routine analysis due to economic and technical limitations. In these cases, clinical evaluation followed by karyotyping and MLPA analysis is a helpful and affordable solution for diagnostic purposes.
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Affiliation(s)
- J R M Ceroni
- Unidade de Genética, Departamento de Pediatria, Instituto da Criança, Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP, HCFMUSP, São Paulo, SP, Brazil.
| | - R L Dutra
- Laboratorio de Citogenômica, Departamento de Patologia, Faculdade de Medicina da USP, FMUSP, São Paulo, SP, Brazil
| | - R S Honjo
- Unidade de Genética, Departamento de Pediatria, Instituto da Criança, Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP, HCFMUSP, São Paulo, SP, Brazil
| | - J C Llerena
- Instituto Nacional de Saúde da Mulher, da Criança e do Adolescente Fernandes Figueira - Fiocruz, Rio de Janeiro, RJ, Brazil
| | - A X Acosta
- Universidade Federal da Bahia, Salvador, BA, Brazil
| | - P F V Medeiros
- Universidade Federal de Campina Grande, Campina Grande, PB, Brazil
| | - M F Galera
- Universidade Federal do Mato Grosso, Cuiabá, MT, Brazil
| | - É A Zanardo
- Laboratorio de Citogenômica, Departamento de Patologia, Faculdade de Medicina da USP, FMUSP, São Paulo, SP, Brazil
| | - F B Piazzon
- Laboratorio de Citogenômica, Departamento de Patologia, Faculdade de Medicina da USP, FMUSP, São Paulo, SP, Brazil
| | - A T Dias
- Laboratorio de Citogenômica, Departamento de Patologia, Faculdade de Medicina da USP, FMUSP, São Paulo, SP, Brazil
| | - G M Novo-Filho
- Laboratorio de Citogenômica, Departamento de Patologia, Faculdade de Medicina da USP, FMUSP, São Paulo, SP, Brazil
| | - M M Montenegro
- Laboratorio de Citogenômica, Departamento de Patologia, Faculdade de Medicina da USP, FMUSP, São Paulo, SP, Brazil
| | - F A R Madia
- Laboratorio de Citogenômica, Departamento de Patologia, Faculdade de Medicina da USP, FMUSP, São Paulo, SP, Brazil
| | - D R Bertola
- Unidade de Genética, Departamento de Pediatria, Instituto da Criança, Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP, HCFMUSP, São Paulo, SP, Brazil.,Centro de Pesquisa sobre o Genoma Humano e Células-Tronco, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brazil., São Paulo, SP, Brazil
| | - J B de Melo
- Laboratório de Citogenética e Genómica - Faculdade de Medicina, Universidade de Coimbra, CIMAGO - Centro de Investigação em Meio Ambiente, Genética e Oncobiologia, Faculdade de Medicina, Universidade de Coimbra, Faculdade de Medicina, Universidade de Coimbra, CNC, IBILI - Faculdade de Medicina, Universidade de Coimbra, Coimbra, Portugal
| | - L D Kulikowski
- Laboratorio de Citogenômica, Departamento de Patologia, Faculdade de Medicina da USP, FMUSP, São Paulo, SP, Brazil
| | - C A Kim
- Unidade de Genética, Departamento de Pediatria, Instituto da Criança, Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP, HCFMUSP, São Paulo, SP, Brazil
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