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Arhab Y, Bessaa K, Abla H, Aydin M, Rahier R, Comte A, Brizuela L, Mebarek S, Perret F, Cherrier MV, Abousalham A, Noiriel A. Phospholipase D inhibitors screening: Probing and evaluation of ancient and novel molecules. Int J Biol Macromol 2020; 166:1131-1140. [PMID: 33161081 DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2020.10.268] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Key Words] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 05/04/2020] [Revised: 09/03/2020] [Accepted: 10/31/2020] [Indexed: 11/26/2022]
Abstract
Phospholipase D (PLD) is a ubiquitous enzyme that cleaves the distal phosphoester bond of phospholipids generating phosphatidic acid (PA). In plants, PA is involved in numerous cell responses triggered by stress. Similarly, in mammals, PA is also a second messenger involved in tumorigenesis. PLD is nowadays considered as a therapeutic target and blocking its activity with specific inhibitors constitutes a promising strategy to treat cancers. Starting from already described PLD inhibitors, this study aims to investigate the effect of their structural modifications on the enzyme's activity, as well as identifying new potent inhibitors of eukaryotic PLDs. Being able to purify the plant PLD from Vigna unguiculata (VuPLD), we obtained a SAXS model of its structure. We then used a fluorescence-based test suitable for high-throughput screening to review the effect of eukaryotic PLD inhibitors described in the literature. In this regard, we found that only few molecules were in fact able to inhibit VuPLD and we confirmed that vanadate is the most potent of all with an IC50 around 58 μM. Moreover, the small-scale screening of a chemical library of 3120 compounds allowed us to optimize the different screening's steps and paved the way towards the discovery of new potent inhibitors.
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Affiliation(s)
- Yani Arhab
- Univ Lyon, Université Lyon 1, Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), UMR 5246 CNRS, Métabolisme, Enzymes et Mécanismes Moléculaires (MEM(2)), Bât Raulin, 43 Bd du 11 Novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France
| | - Karim Bessaa
- Univ Lyon, Université Lyon 1, Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), UMR 5246 CNRS, Métabolisme, Enzymes et Mécanismes Moléculaires (MEM(2)), Bât Raulin, 43 Bd du 11 Novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France
| | - Houda Abla
- Univ Lyon, Université Lyon 1, Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), UMR 5246 CNRS, Métabolisme, Enzymes et Mécanismes Moléculaires (MEM(2)), Bât Raulin, 43 Bd du 11 Novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France
| | - Meryem Aydin
- Univ Lyon, Université Lyon 1, Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), UMR 5246 CNRS, Métabolisme, Enzymes et Mécanismes Moléculaires (MEM(2)), Bât Raulin, 43 Bd du 11 Novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France
| | - Renaud Rahier
- Univ Lyon, Université Lyon 1, Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), UMR 5246 CNRS, Métabolisme, Enzymes et Mécanismes Moléculaires (MEM(2)), Bât Raulin, 43 Bd du 11 Novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France
| | - Arnaud Comte
- Univ Lyon, Université Lyon 1, Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), UMR 5246 CNRS, Chimiothèque, Bât Lederer, 43 Bd du 11 Novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France
| | - Leyre Brizuela
- Univ Lyon, Université Lyon 1, Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), UMR 5246 CNRS, Métabolisme, Enzymes et Mécanismes Moléculaires (MEM(2)), Bât Raulin, 43 Bd du 11 Novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France
| | - Saïda Mebarek
- Univ Lyon, Université Lyon 1, Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), UMR 5246 CNRS, Métabolisme, Enzymes et Mécanismes Moléculaires (MEM(2)), Bât Raulin, 43 Bd du 11 Novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France
| | - Florent Perret
- Univ Lyon, Université Lyon 1, Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), UMR 5246 CNRS, Chimie Supramoléculaire Appliquée (CSAp), Bât Raulin, 43 Bd du 11 Novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France
| | - Mickaël V Cherrier
- Univ. Grenoble Alpes, CEA, CNRS, IBS, Metalloproteins, F-38000 Grenoble, France
| | - Abdelkarim Abousalham
- Univ Lyon, Université Lyon 1, Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), UMR 5246 CNRS, Métabolisme, Enzymes et Mécanismes Moléculaires (MEM(2)), Bât Raulin, 43 Bd du 11 Novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France
| | - Alexandre Noiriel
- Univ Lyon, Université Lyon 1, Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires (ICBMS), UMR 5246 CNRS, Métabolisme, Enzymes et Mécanismes Moléculaires (MEM(2)), Bât Raulin, 43 Bd du 11 Novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France.
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