|
1
|
Khare M, Sinha D, Zgheib R, Traore SI, Lagier JC, Raoult D, Edouard FP. Genomic description and characterization of Nigeribacterium massiliense gen. nov., sp. nov., isolated from the human gut. Microbes Infect 2021; 23:104842. [PMID: 34020025 DOI: 10.1016/j.micinf.2021.104842] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 02/12/2021] [Revised: 04/23/2021] [Accepted: 05/08/2021] [Indexed: 02/07/2023]
Abstract
Strain Marseille-P1302 was isolated from the stool of a 2-year-old Nigerian boy suffering from Kwashiorkor, a form of severe acute malnutrition. The strain grows in aerobic atmosphere and bacterial cells are Gram-positive cocci ranging in diameter from 0.8 to 1 μm. Strain Marseille-P1302 exhibits a 16S rRNA sequence similarity of 94.97% with Brevilactibacter flavus strain VG341T, but phylogenetically-closest species with standing in nomenclature is Brevilactibacter sinopodophylli strains KCTC 33808Twith the sequence similarity of 93.41%. The draft genome of strain Marseille-P1302 is 2,934,258bp-long with a 70.38% G+C content, and contains 2,704 protein-coding genes and 55 RNAs that includes 9 rRNA genes. On the basis of these data, we propose the creation of the new genus Nigeribacterium gen. nov., with strain Marseille-P1302T (= CSUR P1302 = DSM 29084) being the type strain of new species Nigeribacterium. massiliense gen. nov., sp. nov.
Collapse
Affiliation(s)
- Mudra Khare
- Aix Marseille University, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Service de Santé des Armées, Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille, UMR Vecteurs Infections Tropicales et Méditerranéennes. (VITROME), Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection, Marseille, France; Institut Méditerranée-Infection, Marseille, France
| | - Dhiraj Sinha
- Aix Marseille University, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Service de Santé des Armées, Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille, UMR Vecteurs Infections Tropicales et Méditerranéennes. (VITROME), Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection, Marseille, France; Institut Méditerranée-Infection, Marseille, France
| | - Rita Zgheib
- Aix Marseille University, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Service de Santé des Armées, Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille, UMR Vecteurs Infections Tropicales et Méditerranéennes. (VITROME), Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection, Marseille, France; Institut Méditerranée-Infection, Marseille, France
| | - Sory Ibrahima Traore
- Institut Méditerranée-Infection, Marseille, France; Aix-Marseille Université, Institut de Recherche pour le Dévelopement (IRD), UMR Microbes Evolution Phylogeny and Infections (MEPHI), Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Marseille, France
| | - Jean-Christophe Lagier
- Institut Méditerranée-Infection, Marseille, France; Aix-Marseille Université, Institut de Recherche pour le Dévelopement (IRD), UMR Microbes Evolution Phylogeny and Infections (MEPHI), Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Marseille, France
| | - Didier Raoult
- Institut Méditerranée-Infection, Marseille, France; Aix-Marseille Université, Institut de Recherche pour le Dévelopement (IRD), UMR Microbes Evolution Phylogeny and Infections (MEPHI), Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Marseille, France
| | - Fournier Pierre Edouard
- Institut Méditerranée-Infection, Marseille, France; Aix-Marseille Université, Institut de Recherche pour le Dévelopement (IRD), UMR Microbes Evolution Phylogeny and Infections (MEPHI), Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Marseille, France.
| |
Collapse
|