Infrequent isolation of extensively drug-resistant (XDR) Klebsiella pneumoniae resistant to colistin in Spain

[Bioinformatics of next generation sequencing in clinical microbiology diagnosis]

Massive parallel sequencing (High-Throughput Sequencing [HTS]) allows to read millions or billions of DNA sequences or fragments (reads) in parallel and is revolutionizing microbiology research, moving from laboratory methods to computed-assisted analyses, with the compelling use of Bioinformatics. The time and cost reduction in studies on the microbiota, microbiome and metagenome, allows to rapidly progress in diagnosis, taxonomy, epidemiology, comparative genomics, virulence, discovery of genes or variants of interest and the association of microorganisms with traditionally considered non-microbial diseases. In this review, the terminology, the sequencing technologies and their applications are described for microbial analysis using open-source bioinformatics software, analysis pipelines, databases and web platforms that allow a user-friendly bioinformatics approach affordable by the clinical microbiologist and infectious disease practitioners.

Perfil de resistência antimicrobiana de Klebsiella pneumoniae isoladas de animais domésticos e silvestres

RESUMO Klebsiella pneumoniae é um patógeno oportunista, responsável por diversos tipos de infecções nosocomiais, e é considerado um microrganismo multirresistente. Dados na literatura que forneçam informações a respeito da resistência desse microrganismo a antimicrobianos em amostras de animais são escassos. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar o perfil e o seu aumento das resistências a antimicrobianos dentro da medicina veterinária. Um total de 67 isolados de K. pneumoniae, provenientes de diferentes sítios de isolamento de animais domésticos (39/67) e silvestres (28/67), foi confirmado por sequenciamento do gene 16S rRNA. O maior percentual de isolamento de K. pneumoniae foi de amostras de urina, com 16% (11/67), fezes, com 15% (10/67), e pulmão, com 13,5% (09/67). No perfil de resistência, foram testadas 11 categorias de antibióticos, sendo a maior taxa de resistência ao metronidazol 97% (65/67), à ampicilina 94% (63/67), à amoxicilina 93% (62/67), às sulfonamidas 93% (62/67), à colistina 93% (62/67) e à nitrofurantoína 88% (59/67). Aqueles que apresentaram menor taxa de resistência foram: meropenem 3% (2/67), imipenem 6% (4/67) e amicacina 16% (11/67). Todos os isolados foram considerados bactérias multirresistentes (MRD), com o índice de resistência múltipla aos antibióticos (IRMA) variando de 0,15 a 0,85 e com 60 tipos de padrões de resistência. O resultado deste estudo reforça que os animais são reservatórios de K. pneumoniae multirresistentes.