Disruption of the PDGFB gene in a 1;22 translocation patient does not cause Costello syndrome

Exomsequenzierung zur Identifizierung von Krankheitsgenen für seltene Syndrome

Hintergrund

Die Exomanalyse ist als Methode zur Identifizierung von pathogenen Sequenzvarianten bei Patienten mit einem nach den mendelschen Regeln vererbten Krankheitsbild nicht mehr wegzudenken. Sie bildet umfassend die codierenden Sequenzen eines Genoms ab und ist schnell und kostengünstig.

Problemstellung

Da die technischen Schwierigkeiten bei der Durchführung der Exomsequenzierung inzwischen weitgehend gelöst sind, stellt die Auswertung der großen Datenmenge und somit das Finden der pathogenen Sequenzvariante inmitten 10.000er Sequenzabweichungen die eigentliche Herausforderung dar. Dies kann nur mithilfe einer bioinformatischen Filterung der Daten erfolgen, die jeweils unter Berücksichtigung der in die Analyse einbezogenen Patienten und Familienmitglieder sowie des wahrscheinlichsten Erbganges angepasst werden muss.

Lösungsansätze

Anhand von 4 Fallbeispielen werden verschiedene Priorisierungsstrategien für die Filterung der Sequenzvarianten vorgestellt, die jeweils zur Identifikation der wahrscheinlich pathogenen Veränderung bei dem jeweiligen Indexpatienten geführt haben.

Genotype-phenotype correlation in Costello syndrome: HRAS mutation analysis in 43 cases

BACKGROUND

Costello syndrome (CS) is a rare multiple congenital abnormality syndrome, associated with failure to thrive and developmental delay. One of the more distinctive features in childhood is the development of facial warts, often nasolabial and in other moist body surfaces. Individuals with CS have an increased risk of malignancy, suggested to be about 17%. Recently, mutations in the HRAS gene on chromosome 11p13.3 have been found to cause CS.

METHODS

We report here the results of HRAS analysis in 43 individuals with a clinical diagnosis of CS.

RESULTS

Mutations were found in 37 (86%) of patients. Analysis of parental DNA samples was possible in 16 cases for both parents and in three cases for one parent, and confirmed the mutations as de novo in all of these cases. Three novel mutations (G12C, G12E, and K117R) were found in five cases.

CONCLUSIONS

These results confirm that CS is caused, in most cases, by heterozygous missense mutations in the proto-oncogene HRAS. Analysis of the major phenotypic features by mutation suggests a potential correlation between malignancy risk and genotype, which is highest for patients with an uncommon (G12A) substitution. These results confirm that mutation testing for HRAS is a reliable diagnostic test for CS.