10
|
Lancelot N, Charier G, Couprie J, Duband-Goulet I, Alpha-Bazin B, Quémeneur E, Ma E, Marsolier-Kergoat MC, Ropars V, Charbonnier JB, Miron S, Craescu CT, Callebaut I, Gilquin B, Zinn-Justin S. The checkpoint Saccharomyces cerevisiae Rad9 protein contains a tandem tudor domain that recognizes DNA. Nucleic Acids Res 2007; 35:5898-912. [PMID: 17726056 PMCID: PMC2034471 DOI: 10.1093/nar/gkm607] [Citation(s) in RCA: 24] [Impact Index Per Article: 1.4] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [MESH Headings] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 01/01/2023] Open
Abstract
DNA damage checkpoints are signal transduction pathways that are activated after genotoxic insults to protect genomic integrity. At the site of DNA damage, ‘mediator’ proteins are in charge of recruiting ‘signal transducers’ to molecules ‘sensing’ the damage. Budding yeast Rad9, fission yeast Crb2 and metazoan 53BP1 are presented as mediators involved in the activation of checkpoint kinases. Here we show that, despite low sequence conservation, Rad9 exhibits a tandem tudor domain structurally close to those found in human/mouse 53BP1 and fission yeast Crb2. Moreover, this region is important for the resistance of Saccharomyces cerevisiae to different genotoxic stresses. It does not mediate direct binding to a histone H3 peptide dimethylated on K79, nor to a histone H4 peptide dimethylated on lysine 20, as was demonstrated for 53BP1. However, the tandem tudor region of Rad9 directly interacts with single-stranded DNA and double-stranded DNAs of various lengths and sequences through a positively charged region absent from 53BP1 and Crb2 but present in several yeast Rad9 homologs. Our results argue that the tandem tudor domains of Rad9, Crb2 and 53BP1 mediate chromatin binding next to double-strand breaks. However, their modes of chromatin recognition are different, suggesting that the corresponding interactions are differently regulated.
Collapse
Affiliation(s)
- Nathalie Lancelot
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Gaëlle Charier
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Joël Couprie
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Isabelle Duband-Goulet
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Béatrice Alpha-Bazin
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Eric Quémeneur
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Emilie Ma
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Marie-Claude Marsolier-Kergoat
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Virginie Ropars
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Jean-Baptiste Charbonnier
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Simona Miron
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Constantin T. Craescu
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Isabelle Callebaut
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Bernard Gilquin
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
| | - Sophie Zinn-Justin
- Institut de Biologie et Technologies de Saclay, CEA Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette, Institut Jacques Monod, CNRS et Université Paris 7, 2 place Jussieu, 75251 Paris Cedex 05, Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA VALRHO, 30207 Bagnols-sur-Ceze, CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 34090 Montpellier; INSERM, U554, 34090 Montpellier; Université Montpellier 1 et 2, 34090 Montpellier, INSERM U759 & Institut Curie-Centre de Recherche, Centre Universitaire, Bâtiment 112, 91405 Orsay and IMPMC, UMR 7590 Universités Paris 6 et Paris 7, 140 rue de Lourmel, 75015 Paris, France
- *To whom correspondence should be addressed. +33 169083026+33 169084712
| |
Collapse
|