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Denommé-Pichon AS, Vitobello A, Olaso R, Ziegler A, Jeanne M, Tran Mau-Them F, Couturier V, Racine C, Isidor B, Poë C, Jouan T, Boland A, Fin B, Bacq-Daian D, Besse C, Garde A, Prost A, Garret P, Tisserant É, Delanne J, Nambot S, Juven A, Gorce M, Nizon M, Vincent M, Moutton S, Fradin M, Lavillaureix A, Rollier P, Capri Y, Van-Gils J, Busa T, Sigaudy S, Pasquier L, Barth M, Bruel AL, Flamant C, Prouteau C, Bonneau D, Toutain A, Chantegret C, Callier P, Philippe C, Duffourd Y, Deleuze JF, Sorlin A, Faivre L, Thauvin-Robinet C. Accelerated genome sequencing with controlled costs for infants in intensive care units: a feasibility study in a French hospital network. Eur J Hum Genet 2021; 30:567-576. [PMID: 34782754 PMCID: PMC9091203 DOI: 10.1038/s41431-021-00998-4] [Citation(s) in RCA: 11] [Impact Index Per Article: 3.7] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 03/15/2021] [Revised: 10/12/2021] [Accepted: 10/26/2021] [Indexed: 11/09/2022] Open
Abstract
Obtaining a rapid etiological diagnosis for infants with early-onset rare diseases remains a major challenge. These diseases often have a severe presentation and unknown prognosis, and the genetic causes are very heterogeneous. In a French hospital network, we assessed the feasibility of performing accelerated trio-genome sequencing (GS) with limited additional costs by integrating urgent requests into the routine workflow. In addition to evaluating our capacity for such an approach, this prospective multicentre pilot study was designed to identify pitfalls encountered during its implementation. Over 14 months, we included newborns and infants hospitalized in neonatal or paediatric intensive care units with probable genetic disease and in urgent need for etiological diagnosis to guide medical care. The duration of each step and the pitfalls were recorded. We analysed any deviation from the planned schedule and identified obstacles. Trio-GS was performed for 37 individuals, leading to a molecular diagnosis in 18/37 (49%), and 21/37 (57%) after reanalysis. Corrective measures and protocol adaptations resulted in a median duration of 42 days from blood sampling to report. Accelerated trio-GS is undeniably valuable for individuals in an urgent care context. Such a circuit should coexist with a rapid or ultra-rapid circuit, which, although more expensive, can be used in particularly urgent cases. The drop in GS costs should result in its generalized use for diagnostic purposes and lead to a reduction of the costs of rapid GS.
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Affiliation(s)
- Anne-Sophie Denommé-Pichon
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France. .,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France. .,Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies du développement et syndromes malformatifs", Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.
| | - Antonio Vitobello
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Robert Olaso
- Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine, 91057, Évry, France.,LabEx GENMED, Paris, France
| | - Alban Ziegler
- Department of Biochemistry and Genetics, Angers University Hospital and UMR CNRS 6015-INSERM 1083, Angers, France
| | - Médéric Jeanne
- Service de Génétique, Centre Hospitalier Universitaire de Tours, Tours, France.,UMR 1253, iBrain, Université de Tours, Inserm, Tours, France
| | - Frédéric Tran Mau-Them
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Victor Couturier
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Caroline Racine
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies du développement et syndromes malformatifs", Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Bertrand Isidor
- CHU Nantes, Service de Génétique Médicale, Nantes, France.,L'institut du thorax, INSERM, CNRS, UNIV Nantes, CHU Nantes, Nantes, France
| | - Charlotte Poë
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Thibaud Jouan
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Anne Boland
- Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine, 91057, Évry, France
| | - Bertrand Fin
- Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine, 91057, Évry, France
| | - Delphine Bacq-Daian
- Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine, 91057, Évry, France
| | - Céline Besse
- Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine, 91057, Évry, France
| | - Aurore Garde
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies du développement et syndromes malformatifs", Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Adeline Prost
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Philippine Garret
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Émilie Tisserant
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Julian Delanne
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies du développement et syndromes malformatifs", Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Sophie Nambot
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies du développement et syndromes malformatifs", Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Aurélien Juven
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Magali Gorce
- Department of Biochemistry and Genetics, Angers University Hospital and UMR CNRS 6015-INSERM 1083, Angers, France
| | - Mathilde Nizon
- CHU Nantes, Service de Génétique Médicale, Nantes, France.,L'institut du thorax, INSERM, CNRS, UNIV Nantes, CHU Nantes, Nantes, France
| | - Marie Vincent
- CHU Nantes, Service de Génétique Médicale, Nantes, France.,L'institut du thorax, INSERM, CNRS, UNIV Nantes, CHU Nantes, Nantes, France
| | - Sébastien Moutton
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies du développement et syndromes malformatifs", Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Mélanie Fradin
- Service de Génétique Clinique, Centre de Référence Maladies Rares CLAD-Ouest, ERN ITHACA, CHU Rennes, Hôpital Sud, Rennes, France.,Service de Génétique Médicale, CH Saint-Brieuc, Saint-Brieuc, France
| | - Alinoë Lavillaureix
- Service de Génétique Clinique, Centre de Référence Maladies Rares CLAD-Ouest, ERN ITHACA, CHU Rennes, Hôpital Sud, Rennes, France
| | - Paul Rollier
- Service de Génétique Clinique, Centre de Référence Maladies Rares CLAD-Ouest, ERN ITHACA, CHU Rennes, Hôpital Sud, Rennes, France
| | - Yline Capri
- Service de Génétique Clinique, CHU Robert Debré, Paris, France
| | - Julien Van-Gils
- Service de Génétique Médicale, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France
| | - Tiffany Busa
- Département de génétique médicale, CHU Timone enfants, AP-HM, Marseille, France
| | - Sabine Sigaudy
- Département de génétique médicale, CHU Timone enfants, AP-HM, Marseille, France
| | - Laurent Pasquier
- Service de Génétique Clinique, Centre de Référence Maladies Rares CLAD-Ouest, ERN ITHACA, CHU Rennes, Hôpital Sud, Rennes, France
| | - Magalie Barth
- Department of Biochemistry and Genetics, Angers University Hospital and UMR CNRS 6015-INSERM 1083, Angers, France
| | - Ange-Line Bruel
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Cyril Flamant
- Réanimation Pédiatrique et Médecine Néonatale, CHU de Nantes, Nantes, France
| | - Clément Prouteau
- Department of Biochemistry and Genetics, Angers University Hospital and UMR CNRS 6015-INSERM 1083, Angers, France
| | - Dominique Bonneau
- Department of Biochemistry and Genetics, Angers University Hospital and UMR CNRS 6015-INSERM 1083, Angers, France
| | - Annick Toutain
- Service de Génétique, Centre Hospitalier Universitaire de Tours, Tours, France.,UMR 1253, iBrain, Université de Tours, Inserm, Tours, France
| | - Corinne Chantegret
- Réanimation pédiatrique, Hôpital d'Enfants, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Patrick Callier
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Laboratoire de génétique chromosomique et moléculaire, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Christophe Philippe
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Jean-François Deleuze
- Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine, 91057, Évry, France.,Centre de Référence, d'Innovation et d'Expertise (CREFIX) du plan FMG2025, US39, F-91057, Évry, France
| | - Arthur Sorlin
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies du développement et syndromes malformatifs", Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies du développement et syndromes malformatifs", Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France. .,UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France. .,Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.
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