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Conceição EC, Salvato RS, Gomes KM, Guimarães AEDS, da Conceição ML, Souza e Guimarães RJDP, Sharma A, Furlaneto IP, Barcellos RB, Bollela VR, Anselmo LMP, Sisco MC, Niero CV, Ferrazoli L, Refrégier G, Lourenço MCDS, Gomes HM, de Brito AC, Catanho M, Duarte RS, Suffys PN, Lima KVB. Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis in Brazil before the whole genome sequencing era: a literature review. Mem Inst Oswaldo Cruz 2021; 116:e200517. [PMID: 33729319 PMCID: PMC7976556 DOI: 10.1590/0074-02760200517] [Citation(s) in RCA: 1] [Impact Index Per Article: 0.3] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 10/01/2020] [Accepted: 02/11/2021] [Indexed: 11/22/2022] Open
Abstract
Molecular-typing can help in unraveling epidemiological scenarios and improvement for disease control strategies. A literature review of Mycobacterium tuberculosis transmission in Brazil through genotyping on 56 studies published from 1996-2019 was performed. The clustering rate for mycobacterial interspersed repetitive units - variable tandem repeats (MIRU-VNTR) of 1,613 isolates were: 73%, 33% and 28% based on 12, 15 and 24-loci, respectively; while for RFLP-IS6110 were: 84% among prison population in Rio de Janeiro, 69% among multidrug-resistant isolates in Rio Grande do Sul, and 56.2% in general population in São Paulo. These findings could improve tuberculosis (TB) surveillance and set up a solid basis to build a database of Mycobacterium genomes.
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Affiliation(s)
- Emilyn Costa Conceição
- Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Nacional de Infectologia
Evandro Chagas, Programa de Pós-Graduação em Pesquisa Clínica e Doenças Infecciosas,
Rio de Janeiro, RJ, Brasil
- Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Nacional de Infectologia
Evandro Chagas, Laboratório de Bacteriologia e Bioensaios em Micobactérias, Rio de
Janeiro, RJ, Brasil
- Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório
de Biologia Molecular Aplicada a Micobactérias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - Richard Steiner Salvato
- Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Programa de Pós-Graduação
em Biologia Celular e Molecular, Porto Alegre, RS, Brasil
- Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual
de Vigilância em Saúde, Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Porto
Alegre, RS, Brasil
| | - Karen Machado Gomes
- Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Escola Nacional de Saúde Pública
Sergio Arouca, Centro de Referência Professor Hélio Fraga, Laboratório de Referência
Nacional para Tuberculose e outras Micobacterioses, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - Arthur Emil dos Santos Guimarães
- Universidade do Estado do Pará, Instituto de Ciências Biológicas e
da Saúde, Pós-Graduação Biologia Parasitária na Amazônia, Belém, PA, Brasil
- Instituto Evandro Chagas, Seção de Bacteriologia e Micologia,
Ananindeua, PA, Brasil
| | - Marília Lima da Conceição
- Universidade do Estado do Pará, Instituto de Ciências Biológicas e
da Saúde, Pós-Graduação Biologia Parasitária na Amazônia, Belém, PA, Brasil
- Instituto Evandro Chagas, Seção de Bacteriologia e Micologia,
Ananindeua, PA, Brasil
| | | | - Abhinav Sharma
- International Institute of Information Technology, Department of
Data Science, Bangalore, India
| | | | - Regina Bones Barcellos
- Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual
de Vigilância em Saúde, Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Porto
Alegre, RS, Brasil
| | - Valdes Roberto Bollela
- Universidade de São Paulo, Departamento de Clínica Médica da
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brasil
| | - Lívia Maria Pala Anselmo
- Universidade de São Paulo, Departamento de Clínica Médica da
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brasil
| | - Maria Carolina Sisco
- Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório
de Biologia Molecular Aplicada a Micobactérias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
- Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Microbiologia
Paulo de Góes, Laboratório de Micobactérias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - Cristina Viana Niero
- Universidade Federal de São Paulo, Departamento de Microbiologia,
Imunologia e Parasitologia, São Paulo, SP, Brasil
| | - Lucilaine Ferrazoli
- Instituto Adolfo Lutz, Centro de Bacteriologia, Núcleo de
Tuberculose e Micobacterioses, São Paulo, SP, Brasil
| | - Guislaine Refrégier
- Universit e Paris-Saclay, Ecologie Systematique Evolution, Centre
National de la Recherche Scientifique, AgroParisTech, Orsay, France
| | - Maria Cristina da Silva Lourenço
- Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Nacional de Infectologia
Evandro Chagas, Laboratório de Bacteriologia e Bioensaios em Micobactérias, Rio de
Janeiro, RJ, Brasil
| | - Harrison Magdinier Gomes
- Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório
de Biologia Molecular Aplicada a Micobactérias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - Artemir Coelho de Brito
- Coordenação Geral de Vigilância das Doenças de Transmissão
Respiratória de Condições Crônicas, Brasília, DF, Brasil
| | - Marcos Catanho
- Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório
de Genética Molecular de Microrganismos, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - Rafael Silva Duarte
- Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Microbiologia
Paulo de Góes, Laboratório de Micobactérias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - Philip Noel Suffys
- Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório
de Biologia Molecular Aplicada a Micobactérias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - Karla Valéria Batista Lima
- Universidade do Estado do Pará, Instituto de Ciências Biológicas e
da Saúde, Pós-Graduação Biologia Parasitária na Amazônia, Belém, PA, Brasil
- Instituto Evandro Chagas, Seção de Bacteriologia e Micologia,
Ananindeua, PA, Brasil
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Reis AJ, David SMMD, Nunes LDS, Valim ARDM, Possuelo LG. Recent transmission of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in a prison population in southern Brazil. J Bras Pneumol 2017; 42:286-289. [PMID: 27832237 PMCID: PMC5063446 DOI: 10.1590/s1806-37562016000000023] [Citation(s) in RCA: 4] [Impact Index Per Article: 0.6] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 01/21/2016] [Accepted: 04/19/2016] [Indexed: 12/02/2022] Open
Abstract
We conducted a cross-sectional, retrospective study, characterized by classical and molecular epidemiology, involving M. tuberculosis isolates from a regional prison in southern Brazil. Between January of 2011 and August of 2014, 379 prisoners underwent sputum smear microscopy and culture; 53 (13.9%) were diagnosed with active tuberculosis. Of those, 8 (22.9%) presented with isoniazid-resistant tuberculosis. Strain genotyping was carried out by 15-locus mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem-repeat analysis; 68.6% of the patients were distributed into five clusters, and 87.5% of the resistant cases were in the same cluster. The frequency of drug-resistant tuberculosis cases and the rate of recent transmission were high. Our data suggest the need to implement an effective tuberculosis control program within the prison system.
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Affiliation(s)
- Ana Julia Reis
- Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brasil
| | | | - Luciana de Souza Nunes
- Programa de Pós-Graduação em Promoção da Saúde, Centro de Pesquisa e Treinamento em Biotecnologia - CPTBio - Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - Andreia Rosane de Moura Valim
- Programa de Pós-Graduação em Promoção da Saúde, Centro de Pesquisa e Treinamento em Biotecnologia - CPTBio - Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - Lia Gonçalves Possuelo
- Programa de Pós-Graduação em Promoção da Saúde, Centro de Pesquisa e Treinamento em Biotecnologia - CPTBio - Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil
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Brum CB, Ramos DF, Abilleira FDS, Silva ABS, von Groll A, Silva PEAD. The BACTEC MGIT(tm) 320 system as a laboratory tool to diagnose tuberculosis in a Brazilian hospital with a high prevalence of HIV infection. Rev Soc Bras Med Trop 2017; 49:112-4. [PMID: 27163574 DOI: 10.1590/0037-8682-0125-2015] [Citation(s) in RCA: 3] [Impact Index Per Article: 0.4] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 04/13/2015] [Accepted: 06/01/2015] [Indexed: 11/22/2022] Open
Abstract
INTRODUCTION The World Health Organization endorses the BACTEC Mycobacterial Growth Indicator Tube (MGIT)(tm) system as a rapid, sensitive, and specific method to diagnostic of tuberculosis. Here, we compared the performance of this system against Ogawa-Kudoh cultures and microscopy. METHODS A total of 927 samples were obtained between December 2011 and December 2013 from 652 cases of suspected tuberculosis at the School Hospital of the Federal University of Rio Grande in Brazil. RESULTS The MGIT system confirmed tuberculosis in more cases in less time. CONCLUSIONS The MGIT system is an effective tool for early diagnosis of tuberculosis, especially in patients with HIV/AIDS.
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Affiliation(s)
- Clarice Brinck Brum
- Faculdade de Medicina, Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - Daniela Fernandes Ramos
- Faculdade de Medicina, Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - Fernanda de Souza Abilleira
- Faculdade de Medicina, Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - Ana Bárbara Scholante Silva
- Faculdade de Medicina, Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - Andrea von Groll
- Faculdade de Medicina, Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - Pedro Eduardo Almeida da Silva
- Faculdade de Medicina, Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil
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Pedro HDSP, Nardi SMT, Pereira MIF, Oliveira RS, Suffys PN, Gomes HM, Finardi AJ, de Moraes EB, Baptista IMFD, Machado RLD, Castiglioni L. Clinical and epidemiological profiles of individuals with drug-resistant tuberculosis. Mem Inst Oswaldo Cruz 2015; 110:235-48. [PMID: 25946248 PMCID: PMC4489455 DOI: 10.1590/0074-02760140316] [Citation(s) in RCA: 12] [Impact Index Per Article: 1.3] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Track Full Text] [Download PDF] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 08/29/2014] [Accepted: 01/29/2015] [Indexed: 12/03/2022] Open
Abstract
Drug-resistant tuberculosis (TB) is a growing global threat. Approximately 450,000 people developed multidrug-resistant TB worldwide in 2012 and an estimated 170,000 people died from the disease. This paper describes the sociodemographic, clinical-epidemiological and bacteriological aspects of TB and correlates these features with the distribution of anti-TB drug resistance. Mycobacterium tuberculosis (MT) cultures and drug susceptibility testing were performed according to the BACTEC MGIT 960 method. The results demonstrated that MT strains from individuals who received treatment for TB and people who were infected with human immunodeficiency virus were more resistant to TB drugs compared to other individuals (p < 0.05). Approximately half of the individuals received supervised treatment, but most drug-resistant cases were positive for pulmonary TB and exhibited positive acid-fast bacilli smears, which are complicating factors for TB control programs. Primary healthcare is the ideal level for early disease detection, but tertiary healthcare is the most common entry point for patients into the system. These factors require special attention from healthcare managers and professionals to effectively control and monitor the spread of TB drug-resistant cases.
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Affiliation(s)
- Heloisa da Silveira Paro Pedro
- Núcleo de Ciências Biomédicas, Centro de Laboratório Regional de São
José do Rio Preto, Instituto Adolfo Lutz, São José do Rio Preto, SP, Brasil
- Departamento de Genética, Universidade Estadual Paulista Júlio de
Mesquita Filho, São José do Rio Preto, SP, Brasil
| | - Susilene Maria Tonelli Nardi
- Núcleo de Ciências Biomédicas, Centro de Laboratório Regional de São
José do Rio Preto, Instituto Adolfo Lutz, São José do Rio Preto, SP, Brasil
| | - Maria Izabel Ferreira Pereira
- Núcleo de Ciências Biomédicas, Centro de Laboratório Regional de São
José do Rio Preto, Instituto Adolfo Lutz, São José do Rio Preto, SP, Brasil
| | | | - Philip Noel Suffys
- Laboratório de Biologia Molecular aplicada a Micobactérias, Fundação
Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - Harrison Magdinier Gomes
- Laboratório de Biologia Molecular aplicada a Micobactérias, Fundação
Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | | | | | | | - Ricardo Luiz Dantas Machado
- Departamento de Genética, Universidade Estadual Paulista Júlio de
Mesquita Filho, São José do Rio Preto, SP, Brasil
- Departamento de Parasitologia, Instituto Evandro Chagas, Serviço de
Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Belém, PA, Brasil
| | - Lilian Castiglioni
- Departamento de Genética, Universidade Estadual Paulista Júlio de
Mesquita Filho, São José do Rio Preto, SP, Brasil
- Departamento de Epidemiologia e Saúde Coletiva, Faculdade de Medicina de
São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, SP, Brasil
- Departamento de Biologia, Centro Universitário de São José do Rio Preto,
São José do Rio Preto, SP, Brasil
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