Quantitative trait loci for carcass, internal organ and meat quality traits on porcine chromosomes 16, 17 and 18

Fine mapping and single nucleotide polymorphism effects estimation on pig chromosomes 1, 4, 7, 8, 17 and X

Fine mapping of quantitative trait loci (QTL) from previous linkage studies was performed on pig chromosomes 1, 4, 7, 8, 17, and X which were known to harbor QTL. Traits were divided into: growth performance, carcass, internal organs, cut yields, and meat quality. Fifty families were used of a F2 population produced by crossing local Brazilian Piau boars with commercial sows. The linkage map consisted of 237 SNP and 37 microsatellite markers covering 866 centimorgans. QTL were identified by regression interval mapping using GridQTL. Individual marker effects were estimated by Bayesian LASSO regression using R. In total, 32 QTL affecting the evaluated traits were detected along the chromosomes studied. Seven of the QTL were known from previous studies using our F2 population, and 25 novel QTL resulted from the increased marker coverage. Six of the seven QTL that were significant at the 5% genome-wide level had SNPs within their confidence interval whose effects were among the 5% largest effects. The combined use of microsatellites along with SNP markers increased the saturation of the genome map and led to smaller confidence intervals of the QTL. The results showed that the tested models yield similar improvements in QTL mapping accuracy.

Detecção de locos de características quantitativas nos cromossomos 1, 2, 3, 12, 14, 15 e X de suínos: características de desempenho

Mapeou-se quantitative trait loci (QTL) associados a características de desempenho nos cromossomos 1, 2, 3, 12, 14, 15 e X de suínos pertencentes a uma população F2, formada a partir do cruzamento entre dois machos da raça naturalizada brasileira Piau e 18 fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Pietrain). O mapa genético de ligação da população foi construído após a genotipagem dos animais para 35 marcadores microssatélites. As estimativas do conteúdo de informação polimórfica indicaram que os marcadores microssatélites foram adequados para as análises de QTL. Os dados foram analisados pelo mapeamento por intervalo usando-se o programa GridQTL. Encontraram-se seis QTL, sendo que o QTL genômico para idade ao abate atingiu a significância de 5% de probabilidade. As informações dos QTL detectados neste estudo são úteis para identificar genes que podem ser usados em conjunto com os métodos convencionais de seleção, aumentar a acurácia deles e prover uma compreensão dos fenótipos produtivos de suínos.

Mapeamento de QTL nos cromossomos 1, 2, 3, 12, 14, 15 e X em suínos: características de carcaça e qualidade de carne

A realização do presente estudo teve como objetivo mapear Quantitative Trait Loci (QTL) de carcaça e qualidade de carne em uma população F2 de suínos desenvolvida pelo cruzamento de dois reprodutores da raça brasileira Piau com 18 fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Pietrain). O mapa de ligação para essa população foi construído após a genotipagem de 684 animais para 35 marcadores microssatélites. Os dados foram analisados pelo mapeamento por intervalo usando-se sexo, lote e genótipo halotano como efeitos fixos e peso de carcaça ao abate, peso da carcaça direita e idade ao abate como covariáveis. Um total de 18 QTLs foi encontrado; os QTLs para maior espessura de toucinho na região da copa, na linha dorsolombar, e a perda por cozimento foram significativos em nível de 5% genômico. A característica espessura de toucinho foi essencialmente associada aos alelos da raça Piau, conhecido como porco tipo banha. As informações dos QTLs significativos encontrados servem para futuros estudos de mapeamento fino para identificação de genes a serem usados em conjunto com os métodos tradicionais de seleção, para melhorar a eficiência dos programas de melhoramento, assim como prover informação acerca da fisiologia envolvida no desenvolvimento das características quantitativas dos suínos.

Estimação de parâmetros genéticos de uma população F2 de suínos

Objetivou-se estimar parâmetros genéticos de características de carcaça, cortes de carcaça, qualidade de carne e desempenho de suínos em uma população F2 (Piau x linhagem comercial), para melhor se compreender a herança e a associação entre essas características. Para obter as estimativas de herdabilidades e correlações genéticas foi utilizado um modelo animal unicaracterístico e bicaracterístico, respectivamente, e os parâmetros foram estimados a partir dos componentes de variância e covariância, obtidos pelo método da máxima verossimilhança restrita por meio do programa MTDFREML. As herdabilidades estimadas, em modelo unicaracterístico, variaram de 0,10 a 0,43 para o grupo de características de carcaça, de 0,07 a 0,47 para cortes de carcaça, de 0,14 a 0,40 para qualidade de carne e de 0,18 a 0,86 para características de desempenho. As correlações genéticas estimadas em modelo bicaracterístico foram altas para algumas características, o que pode ser indicativo de que estas são controladas pelos mesmos genes ou genes ligados. Estudos futuros de mapeamento dos locos de características quantitativas, nesta população permitirão uma melhor compreensão das causas das correlações genéticas existentes entre as características, bem como determinar em qual região cromossômica localiza-se os locos de características quantitativas.