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Tran Mau-Them F, Overs A, Bruel AL, Duquet R, Thareau M, Denommé-Pichon AS, Vitobello A, Sorlin A, Safraou H, Nambot S, Delanne J, Moutton S, Racine C, Engel C, De Giraud d’Agay M, Lehalle D, Goldenberg A, Willems M, Coubes C, Genevieve D, Verloes A, Capri Y, Perrin L, Jacquemont ML, Lambert L, Lacaze E, Thevenon J, Hana N, Van-Gils J, Dubucs C, Bizaoui V, Gerard-Blanluet M, Lespinasse J, Mercier S, Guerrot AM, Maystadt I, Tisserant E, Faivre L, Philippe C, Duffourd Y, Thauvin-Robinet C. Combining globally search for a regular expression and print matching lines with bibliographic monitoring of genomic database improves diagnosis. Front Genet 2023; 14:1122985. [PMID: 37152996 PMCID: PMC10157399 DOI: 10.3389/fgene.2023.1122985] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/13/2022] [Accepted: 02/13/2023] [Indexed: 05/09/2023] Open
Abstract
Introduction: Exome sequencing has a diagnostic yield ranging from 25% to 70% in rare diseases and regularly implicates genes in novel disorders. Retrospective data reanalysis has demonstrated strong efficacy in improving diagnosis, but poses organizational difficulties for clinical laboratories. Patients and methods: We applied a reanalysis strategy based on intensive prospective bibliographic monitoring along with direct application of the GREP command-line tool (to "globally search for a regular expression and print matching lines") in a large ES database. For 18 months, we submitted the same five keywords of interest [(intellectual disability, (neuro)developmental delay, and (neuro)developmental disorder)] to PubMed on a daily basis to identify recently published novel disease-gene associations or new phenotypes in genes already implicated in human pathology. We used the Linux GREP tool and an in-house script to collect all variants of these genes from our 5,459 exome database. Results: After GREP queries and variant filtration, we identified 128 genes of interest and collected 56 candidate variants from 53 individuals. We confirmed causal diagnosis for 19/128 genes (15%) in 21 individuals and identified variants of unknown significance for 19/128 genes (15%) in 23 individuals. Altogether, GREP queries for only 128 genes over a period of 18 months permitted a causal diagnosis to be established in 21/2875 undiagnosed affected probands (0.7%). Conclusion: The GREP query strategy is efficient and less tedious than complete periodic reanalysis. It is an interesting reanalysis strategy to improve diagnosis.
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Affiliation(s)
- Frédéric Tran Mau-Them
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
- INSERM UMR1231 GAD, Dijon, France
- *Correspondence: Frédéric Tran Mau-Them,
| | - Alexis Overs
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Ange-Line Bruel
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
- INSERM UMR1231 GAD, Dijon, France
| | - Romain Duquet
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Mylene Thareau
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Anne-Sophie Denommé-Pichon
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
- INSERM UMR1231 GAD, Dijon, France
| | - Antonio Vitobello
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
- INSERM UMR1231 GAD, Dijon, France
| | - Arthur Sorlin
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
- INSERM UMR1231 GAD, Dijon, France
| | - Hana Safraou
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
- INSERM UMR1231 GAD, Dijon, France
| | - Sophie Nambot
- Centre de Référence Maladies Rares “Anomalies du développement et syndromes malformatifs”, Centre de Génétique, FHUTRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Julian Delanne
- Centre de Référence Maladies Rares “Anomalies du développement et syndromes malformatifs”, Centre de Génétique, FHUTRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Sebastien Moutton
- Centre de Référence Maladies Rares “Anomalies du développement et syndromes malformatifs”, Centre de Génétique, FHUTRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Caroline Racine
- Centre de Référence Maladies Rares “Anomalies du développement et syndromes malformatifs”, Centre de Génétique, FHUTRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Camille Engel
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | | | - Daphne Lehalle
- Centre de Référence Maladies Rares “Anomalies du développement et syndromes malformatifs”, Centre de Génétique, FHUTRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Alice Goldenberg
- Normandie Univ, UNIROUEN, Inserm U1245 and Rouen University Hospital, Rouen, France
- Department of Genetics and Reference Center for Developmental Disorders, Normandy Center for Genomic and Personalized Medicine, Rouen, France
| | - Marjolaine Willems
- Département de Génétique Médicale Maladies Rares et Médecine Personnalisée, Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Université Montpellier, Montpellier, France
| | - Christine Coubes
- Département de Génétique Médicale Maladies Rares et Médecine Personnalisée, Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Université Montpellier, Montpellier, France
| | - David Genevieve
- Département de Génétique Médicale Maladies Rares et Médecine Personnalisée, Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Université Montpellier, Montpellier, France
| | - Alain Verloes
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Department of Medical Genetics, AP-HPNord- Université de Paris, Hôpital Robert Debré, Paris, France
- INSERM UMR 1141, Paris, France
| | - Yline Capri
- Service de Génétique Clinique, CHU Robert Debré, Paris, France
| | - Laurence Perrin
- Service de Génétique Clinique, CHU Robert Debré, Paris, France
| | - Marie-Line Jacquemont
- Unité de Génétique Médicale, Pole Femme-Mère-Enfant, Groupe Hospitalier Sud Réunion, CHU de La Réunion, La Réunion, France
| | | | - Elodie Lacaze
- Unité de Génétique Médicale, Groupe Hospitalier du Havre, Le Havre, France
| | - Julien Thevenon
- Centre de Référence Maladies Rares “Anomalies du développement et syndromes malformatifs”, Centre de Génétique, FHUTRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Nadine Hana
- Département de Génétique, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Hôpital Bichat, Paris, France
- INSERM U1148, Laboratory for Vascular Translational Science, Université Paris de Paris, Hôpital Bichat, Paris, France
| | - Julien Van-Gils
- Service de Génétique Médicale, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France
| | - Charlotte Dubucs
- Department of Medical Genetics, Toulouse University Hospital, Toulouse, France
| | - Varoona Bizaoui
- Service de Génétique, Centre Hospitalier Universitaire Caen Normandie, Caen, France
| | | | | | - Sandra Mercier
- Service de Génétique Médicale, CHU Nantes, Nantes, France
| | - Anne-Marie Guerrot
- Department of Genetics and Reference Center for Developmental Disorders, Normandie Univ, UNIROUEN, CHU Rouen, Rouen, France
- Inserm U1245, FHU G4 Génomique, Rouen, France
| | - Isabelle Maystadt
- Centre de Génétique Humaine, Institut de Pathologie et de Génétique, Gosselies, Belgium
| | - Emilie Tisserant
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- INSERM UMR1231 GAD, Dijon, France
- Centre de Référence Maladies Rares “Anomalies du développement et syndromes malformatifs”, Centre de Génétique, FHUTRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Christophe Philippe
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
- INSERM UMR1231 GAD, Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
- INSERM UMR1231 GAD, Dijon, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
- INSERM UMR1231 GAD, Dijon, France
- Centre de Référence Maladies Rares “Anomalies du développement et syndromes malformatifs”, Centre de Génétique, FHUTRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
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