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Charles H, Fátima CV, Lucio V, María KA, Johar C, Kevin P, Luz BV, Guido GA, Eduarda BC, Sebastian MN, Heber QJ, Matilde QY, Karla ZV, Liesbeth HF, Javier RE, Juan SR, Antonio BO. Differences in SARS-COV-2 seroprevalence in the population of Cusco, Peru. GLOBAL EPIDEMIOLOGY 2024; 7:100131. [PMID: 38188037 PMCID: PMC10767270 DOI: 10.1016/j.gloepi.2023.100131] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 04/29/2023] [Revised: 11/22/2023] [Accepted: 11/27/2023] [Indexed: 01/09/2024] Open
Abstract
Background The spread of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) in Peru has been reported at the regional level, few studies have evaluated its spread at the provincial level, in which the mechanisms could be different. Methods We conducted an analytical, cross-sectional, multistage observational population study to assess the seroprevalence of SARS-COV-2 at the provincial and urban/rural levels in a high-altitude setting. The sampling unit was the household, including a randomly selected family member. Sampling was performed using a data collection sheet on clinical and epidemiological variables. Chemiluminescence tests were used to detect total anti-SARS-COV-2 antibodies (IgG and IgM simultaneously). The percentages were adjusted to the sampling design. Results The overall prevalence in the region of Cusco was 25.9%, with considerably different prevalence between the 13 provinces (from 15.9% in Acomayo to 40.1% in Canchis) and between rural (21.1%) and urban (31.7%) areas. In multivariable model, living in a rural area was a protective factor (adjusted prevalence ratio [aPR], 0.68; 95% confidence interval [CI], 0.61-0.76). Conclusions Geographic diversity and population density determine different prevalence rates, typically lower in rural areas, possibly due to natural social distancing or limited interaction with people at risk.
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Affiliation(s)
| | - Concha-Velasco Fátima
- Dirección de Epidemiología e Investigación - Gerencia Regional de Salud del Cusco, Cusco, Peru
- Universidad Continental, Cusco, Peru
| | - Velásquez Lucio
- Universidad Andina del Cusco, Cusco, Peru
- Unidad de Epidemiología, Hospital Nacional Adolfo Guevara Velasco, Cusco, Peru
| | - K. Antich María
- Dirección de Epidemiología e Investigación - Gerencia Regional de Salud del Cusco, Cusco, Peru
- Universidad Peruana Cayetano Heredia, Lima, Peru
| | - Cassa Johar
- Dirección de Epidemiología e Investigación - Gerencia Regional de Salud del Cusco, Cusco, Peru
- Universidad Nacional San Antonio Abad del Cusco, Cusco, Peru
| | - Palacios Kevin
- Dirección de Epidemiología e Investigación - Gerencia Regional de Salud del Cusco, Cusco, Peru
| | | | | | | | | | - Quispe-Jihuallanca Heber
- Dirección de Inteligencia Sanitaria, Red de Servicios de Salud de Canas Canchis Espinar, Cusco, Peru
| | - Quispe-Yana Matilde
- Dirección de Inteligencia Sanitaria, Red de Servicios de La Convención, Cusco, Peru
| | - Zavala-Vargas Karla
- Dirección de Inteligencia Sanitaria – Gerencia Regional de Salud Cusco, Peru
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Nabaes Jodar MS, Torres C, Mojsiejczuk L, Acuña D, Valinotto LE, Goya S, Natale M, Lusso S, Alexay S, Amadio A, Irazoqui M, Fernandez F, Acevedo ME, Alvarez Lopez C, Angelletti A, Aulicino P, Bolatti E, Brusés B, Cacciahue M, Cavatorta A, Cerri A, Cordero A, Debat H, Dus Santos MJ, Eberhardt MF, Ercole R, Espul C, Farber M, Fay F, Fernandez A, Ferrini F, Formichelli L, Ceballos S, Gallego F, Giri A, Gismondi M, Acevedo RM, Gramundi I, Ibañez ME, Konig G, Leiva V, Lorenzini Campos M, Lucero H, Marquez N, Mazzeo M, Mistchenko AS, Montoto L, Muñoz M, Nadalich V, Nardi C, Ortiz B, Pianciola L, Pintos C, Puebla A, Rastellini C, Rojas AE, Sfalcin J, Suarez A, Theaux C, Thomas G, Tittarelli E, Toro R, Villanova V, Wenk G, Ziehm C, Zimmermann MC, Zunino S, Pais P, Viegas M. The Lambda Variant in Argentina: Analyzing the Evolution and Spread of SARS-CoV-2 Lineage C.37. Viruses 2023; 15:1382. [PMID: 37376681 DOI: 10.3390/v15061382] [Citation(s) in RCA: 2] [Impact Index Per Article: 2.0] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Key Words] [Grants] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 05/12/2023] [Revised: 06/13/2023] [Accepted: 06/14/2023] [Indexed: 06/29/2023] Open
Abstract
The second wave of COVID-19 occurred in South America in early 2021 and was mainly driven by Gamma and Lambda variants. In this study, we aimed to describe the emergence and local genomic diversity of the SARS-CoV-2 Lambda variant in Argentina, from its initial entry into the country until its detection ceased. Molecular surveillance was conducted on 9356 samples from Argentina between October 2020 and April 2022, and sequencing, phylogenetic, and phylogeographic analyses were performed. Our findings revealed that the Lambda variant was first detected in Argentina in January 2021 and steadily increased in frequency until it peaked in April 2021, with continued detection throughout the year. Phylodynamic analyses showed that at least 18 introductions of the Lambda variant into the country occurred, with nine of them having evidence of onward local transmission. The spatial--temporal reconstruction showed that Argentine clades were associated with Lambda sequences from Latin America and suggested an initial diversification in the Metropolitan Area of Buenos Aires before spreading to other regions in Argentina. Genetic analyses of genome sequences allowed us to describe the mutational patterns of the Argentine Lambda sequences and detect the emergence of rare mutations in an immunocompromised patient. Our study highlights the importance of genomic surveillance in identifying the introduction and geographical distribution of the SARS-CoV-2 Lambda variant, as well as in monitoring the emergence of mutations that could be involved in the evolutionary leaps that characterize variants of concern.
Collapse
Affiliation(s)
- Mercedes Soledad Nabaes Jodar
- Laboratorio de Virologia, Hospital de Ninos Dr. Ricardo Gutierrez, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
| | - Carolina Torres
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Investigaciones En Bacteriologia y Virologia Molecular (IbaViM), Junín 956, Ciudad Autómoma de Buenos Aires 1113, Argentina
| | - Laura Mojsiejczuk
- Instituto de Investigaciones En Bacteriologia y Virologia Molecular (IbaViM), Junín 956, Ciudad Autómoma de Buenos Aires 1113, Argentina
| | - Dolores Acuña
- Laboratorio de Virologia, Hospital de Ninos Dr. Ricardo Gutierrez, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
| | - Laura Elena Valinotto
- Laboratorio de Virologia, Hospital de Ninos Dr. Ricardo Gutierrez, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
| | - Stephanie Goya
- Laboratorio de Virologia, Hospital de Ninos Dr. Ricardo Gutierrez, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
| | - Monica Natale
- Laboratorio de Virologia, Hospital de Ninos Dr. Ricardo Gutierrez, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
| | - Silvina Lusso
- Laboratorio de Virologia, Hospital de Ninos Dr. Ricardo Gutierrez, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
| | - Sofia Alexay
- Laboratorio de Virologia, Hospital de Ninos Dr. Ricardo Gutierrez, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
| | - Ariel Amadio
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Investigación de La Cadena Lactea (IDICAL) INTA-CONICET, Ruta 34 Km 227, Rafaela 2300, Argentina
| | - Matias Irazoqui
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Investigación de La Cadena Lactea (IDICAL) INTA-CONICET, Ruta 34 Km 227, Rafaela 2300, Argentina
| | - Franco Fernandez
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Patología Vegetal, Centro de Investigaciones Agropecuarias, Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria (IPAVE-CIAP-INTA), Camino 60 Cuadras Km 5,5, Córdoba 5020, Argentina
| | - Maria Elina Acevedo
- Laboratorio de Virologia, Hospital de Ninos Dr. Ricardo Gutierrez, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
| | - Cristina Alvarez Lopez
- Laboratorio de Virologia, Hospital de Ninos Dr. Ricardo Gutierrez, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
| | - Andres Angelletti
- Laboratorio de Salud Pública, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, Calle 1 y 47, La Plata 1900, Argentina
| | - Paula Aulicino
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus, Hospital de Pediatría Prof. Juan P. Garrahan, Avenida Brasil 1175, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1260, Argentina
| | - Elisa Bolatti
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Grupo Virología Humana, Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (CONICET), Suipacha 590, Rosario 2000, Argentina
| | - Bettina Brusés
- Instituto de Medicina Regional, Universidad Nacional del Nordeste, Av. Las Heras 727, Resistencia 3500, Argentina
| | - Marco Cacciahue
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Biotecnología, Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (INTA-CONICET), De Los Reseros y N. Repetto s/No, Hurlingham 1686, Argentina
| | - Ana Cavatorta
- Centro de Tecnología En Salud Pública, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas, Universidad Nacional de Rosario (UNR), Suipacha 531, Rosario 2000, Argentina
| | - Agustina Cerri
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Grupo Virología Humana, Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (CONICET), Suipacha 590, Rosario 2000, Argentina
| | - Andres Cordero
- Laboratorio de Salud Pública, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, Calle 1 y 47, La Plata 1900, Argentina
| | - Humberto Debat
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Patología Vegetal, Centro de Investigaciones Agropecuarias, Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria (IPAVE-CIAP-INTA), Camino 60 Cuadras Km 5,5, Córdoba 5020, Argentina
| | - Maria Jose Dus Santos
- Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas (INTA-CONICET), De Los Reseros y N. Repetto s/No, Hurlingham 1686, Argentina
- Laboratorio de Diagnostico-UNIDAD COVID, Universidad Nacional de Hurlingham, Hurlingham 1686, Argentina
| | - Maria Florencia Eberhardt
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Investigación de La Cadena Lactea (IDICAL) INTA-CONICET, Ruta 34 Km 227, Rafaela 2300, Argentina
| | - Regina Ercole
- Laboratorio de Virología, HIEAyC San Juan de Dios, Calles 27 y 70, La Plata 1900, Argentina
| | - Carlos Espul
- Dirección de Epidemiologia y Red de Laboratorios Del Ministerio de Salud de La Provincia de Mendoza, Mendoza 5500, Argentina
| | - Marisa Farber
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Biotecnología, Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (INTA-CONICET), De Los Reseros y N. Repetto s/No, Hurlingham 1686, Argentina
| | - Fabián Fay
- CIBIC Laboratorio, Pte. Roca 746, Rosario 2000, Argentina
| | - Ailen Fernandez
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Gregorio Martínez 65, Neuquén 8300, Argentina
| | - Florencia Ferrini
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Laboratorio de Medicina Genómica, Facultad de Medicina, Universidad Nacional Del Nordeste, Córdoba 1430, Argentina
| | - Laura Formichelli
- Instituto de Medicina Regional, Universidad Nacional del Nordeste, Av. Las Heras 727, Resistencia 3500, Argentina
| | - Santiago Ceballos
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Cadic-Conicet, Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Houssay 200, Ushuaia 9410, Argentina
| | - Fernando Gallego
- Hospital Regional Ushuaia, Av. 12 de Octubre y Maipú, Ushuaia 9410, Argentina
| | - Adriana Giri
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Grupo Virología Humana, Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (CONICET), Suipacha 590, Rosario 2000, Argentina
| | - Maria Gismondi
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Biotecnología, Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (INTA-CONICET), De Los Reseros y N. Repetto s/No, Hurlingham 1686, Argentina
| | - Raul Maximiliano Acevedo
- Instituto de Botánica Del Nordeste-UNNE, Sargento Juan Bautista Cabral 2131, Corrientes 3400, Argentina
| | - Ivan Gramundi
- Hospital Regional Ushuaia, Av. 12 de Octubre y Maipú, Ushuaia 9410, Argentina
| | - María Eugenia Ibañez
- Biología Molecular-Laboratorio Central, Hospital Alemán, Av. Pueyrredón 1640, Cuidad Autónoma de Buenos Aires 1118, Argentina
| | - Guido Konig
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Biotecnología, Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (INTA-CONICET), De Los Reseros y N. Repetto s/No, Hurlingham 1686, Argentina
| | - Viviana Leiva
- Laboratorio de Salud Pública, Talcahuano 2194, Godoy Cruz 5501, Argentina
| | - Melina Lorenzini Campos
- Instituto de Medicina Regional, Universidad Nacional del Nordeste, Av. Las Heras 727, Resistencia 3500, Argentina
| | - Horacio Lucero
- Instituto de Medicina Regional, Universidad Nacional del Nordeste, Av. Las Heras 727, Resistencia 3500, Argentina
| | - Nathalie Marquez
- Instituto de Patología Vegetal, Centro de Investigaciones Agropecuarias, Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria (IPAVE-CIAP-INTA), Camino 60 Cuadras Km 5,5, Córdoba 5020, Argentina
| | - Melina Mazzeo
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Gregorio Martínez 65, Neuquén 8300, Argentina
| | - Alicia Susana Mistchenko
- Laboratorio de Virologia, Hospital de Ninos Dr. Ricardo Gutierrez, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
- Comisión Investigaciones Científicas de La Provincia de Buenos Aires, Camino General Belgrano y 526, La Plata 1900, Argentina
| | - Luciana Montoto
- Laboratorio de Biología Molecular Hospital Pedro de Elizalde, Avenida Manuel A Montes de Oca 1402, Cuidad Autónoma de Buenos Aires 1270, Argentina
| | - Marianne Muñoz
- Instituto de Biotecnología, Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (INTA-CONICET), De Los Reseros y N. Repetto s/No, Hurlingham 1686, Argentina
| | - Victoria Nadalich
- Laboratorio de Salud Pública, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, Calle 1 y 47, La Plata 1900, Argentina
| | - Cristina Nardi
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA) de La Universidad Nacional de Tierra Del Fuego (UNTDF), Houssay 200, Ushuaia 9410, Argentina
| | - Belén Ortiz
- Laboratorio de Salud Pública, Talcahuano 2194, Godoy Cruz 5501, Argentina
| | - Luis Pianciola
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Gregorio Martínez 65, Neuquén 8300, Argentina
| | - Carolina Pintos
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Gregorio Martínez 65, Neuquén 8300, Argentina
| | - Andrea Puebla
- Instituto de Biotecnología, Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (INTA-CONICET), De Los Reseros y N. Repetto s/No, Hurlingham 1686, Argentina
| | - Carolina Rastellini
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Gregorio Martínez 65, Neuquén 8300, Argentina
| | - Alejandro Ezequiel Rojas
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA) de La Universidad Nacional de Tierra Del Fuego (UNTDF), Houssay 200, Ushuaia 9410, Argentina
| | - Javier Sfalcin
- CIBIC Laboratorio, Pte. Roca 746, Rosario 2000, Argentina
| | - Ariel Suarez
- Departamento de Biología y Genética Molecular, IACA Laboratorios, San Martín 68, Bahía Blanca 8000, Argentina
| | - Clara Theaux
- Laboratorio de Biología Molecular Del Hospital General de Agudos, Carlos G. Durand, Diaz Vélez 5044, Cuidad Autónoma de Buenos Aires 1405, Argentina
| | - Guillermo Thomas
- Laboratorio de Virologia, Hospital de Ninos Dr. Ricardo Gutierrez, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
| | - Estefania Tittarelli
- Departamento de Biología y Genética Molecular, IACA Laboratorios, San Martín 68, Bahía Blanca 8000, Argentina
| | - Rosana Toro
- Laboratorio de Salud Pública, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, Calle 1 y 47, La Plata 1900, Argentina
| | - Vanina Villanova
- Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática, Av. Eduardo Carrasco y Cordiviola, Rosario 2000, Argentina
| | - Gretel Wenk
- Laboratorio de Biología Molecular Hospital Pedro de Elizalde, Avenida Manuel A Montes de Oca 1402, Cuidad Autónoma de Buenos Aires 1270, Argentina
| | - Cecilia Ziehm
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Gregorio Martínez 65, Neuquén 8300, Argentina
| | - Maria Carla Zimmermann
- Laboratorio de Medicina Genómica, Facultad de Medicina, Universidad Nacional Del Nordeste, Córdoba 1430, Argentina
| | - Sebastian Zunino
- Laboratorio de Virología Molecular, Hospital Blas L. Dubarry, Calle 12 825, Mercedes 6600, Argentina
| | - Proyecto Pais
- Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2, Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2, Gallo 1330, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1425, Argentina
| | - Mariana Viegas
- Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET), Godoy Cruz 2390, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 2915, Argentina
- Laboratorio de Salud Pública, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, Calle 1 y 47, La Plata 1900, Argentina
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