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Salim JA, Saraiva AM, Zermoglio PF, Agostini K, Wolowski M, Drucker DP, Soares FM, Bergamo PJ, Varassin IG, Freitas L, Maués MM, Rech AR, Veiga AK, Acosta AL, Araujo AC, Nogueira A, Blochtein B, Freitas BM, Albertini BC, Maia-Silva C, Nunes CEP, Pires CSS, dos Santos CF, Queiroz EP, Cartolano EA, de Oliveira FF, Amorim FW, Fontúrbel FE, da Silva GV, Consolaro H, Alves-dos-Santos I, Machado IC, Silva JS, Aleixo KP, Carvalheiro LG, Rocca MA, Pinheiro M, Hrncir M, Streher NS, Ferreira PA, de Albuquerque PMC, Maruyama PK, Borges RC, Giannini TC, Brito VLG. Data standardization of plant-pollinator interactions. Gigascience 2022; 11:6593428. [PMID: 35639882 PMCID: PMC9154084 DOI: 10.1093/gigascience/giac043] [Citation(s) in RCA: 2] [Impact Index Per Article: 1.0] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/23/2022] Open
Abstract
Background Animal pollination is an important ecosystem function and service, ensuring both the integrity of natural systems and human well-being. Although many knowledge shortfalls remain, some high-quality data sets on biological interactions are now available. The development and adoption of standards for biodiversity data and metadata has promoted great advances in biological data sharing and aggregation, supporting large-scale studies and science-based public policies. However, these standards are currently not suitable to fully support interaction data sharing. Results Here we present a vocabulary of terms and a data model for sharing plant–pollinator interactions data based on the Darwin Core standard. The vocabulary introduces 48 new terms targeting several aspects of plant–pollinator interactions and can be used to capture information from different approaches and scales. Additionally, we provide solutions for data serialization using RDF, XML, and DwC-Archives and recommendations of existing controlled vocabularies for some of the terms. Our contribution supports open access to standardized data on plant–pollinator interactions. Conclusions The adoption of the vocabulary would facilitate data sharing to support studies ranging from the spatial and temporal distribution of interactions to the taxonomic, phenological, functional, and phylogenetic aspects of plant–pollinator interactions. We expect to fill data and knowledge gaps, thus further enabling scientific research on the ecology and evolution of plant–pollinator communities, biodiversity conservation, ecosystem services, and the development of public policies. The proposed data model is flexible and can be adapted for sharing other types of interactions data by developing discipline-specific vocabularies of terms.
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Affiliation(s)
- José A Salim
- Correspondence authors. José A. Salim. Universidade Estadual de Campinas Instituto de Biologia Departamento de Biologia Vegetal Rua Monteiro Lobato, 255, Phone +55 (19) 3521-6166. E-mail:
| | - Antonio M Saraiva
- Correspondence authors. Antonio M. Saraiva. Laboratório de Automação Agrícola - Escola Politécnica da USP Av. Prof. Luciano Gualberto, travessa 3, nº 158, sala C2-56 Edifício de Engenharia Elétrica Cidade Universitária - São Paulo - SP CEP 05508-900 Fone: +55 (11) 3091-5366 Fax: +55 (11) 3091-5294. E-mail:
| | - Paula F Zermoglio
- Departamento de Ecología, Genética y Evolución, Instituto IEGEBA (CONICET-UBA), Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
| | - Kayna Agostini
- Departamento de Ciências da Natureza, Matemática e Educação, Universidade Federal de São Carlos, Rodovia Anhanguera km 174, Araras, São Paulo, Caixa Postal 153. CEP 13600-970, Brazil
| | - Marina Wolowski
- Instituto de Ciências da Natureza, Universidade Federal de Alfenas, Rua Gabriel Monteiro da Silva 700, Alfenas, Minas Gerais, 37130-001, Brazil
| | - Debora P Drucker
- Embrapa Agricultura Digital, Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), Campinas, SP, Brazil
| | - Filipi M Soares
- Escola Politécnica, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05508-010, Brazil
| | - Pedro J Bergamo
- Jardim Botânico do Rio de Janeiro, R. Pacheco Leão 915, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 22460-030, Brazil
| | - Isabela G Varassin
- Departamento de Botânica, Universidade Federal do Paraná, Curitiba, Paraná, Brazil
| | - Leandro Freitas
- Jardim Botânico do Rio de Janeiro, R. Pacheco Leão 915, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 22460-030, Brazil
| | - Márcia M Maués
- Laboratório de Entomologia, Embrapa Amazônia Oriental, Trav. Dr. Enéas Pinheiro, s/n°, Bairro do Marco, Belém, Pará, 66095-903, Brazil
| | - Andre R Rech
- Faculdade Interdisciplinar de Humanidades, Centro Multiusuário de Pesquisa em Ciência Florestal (MULTIFLOR), Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, Diamantina, Minas Gerais, 39100-000, Brazil
| | - Allan K Veiga
- Escola Politécnica, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05508-010, Brazil
| | - Andre L Acosta
- Instituto Tecnológico Vale. Rua Boaventura da Silva, 955, 66055-900, Belém, Pará, Brazil
| | - Andréa C Araujo
- Instituto de Biociências, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil
| | - Anselmo Nogueira
- Laboratório de Interações Plant-Animal (LIPA), Centro de Ciências Naturais e Humanas (CCNH), Universidade Federal do ABC, Alameda da Universidade, s/nº, Anchieta, São Bernardo do Campo, São Paulo, Brazil
| | - Betina Blochtein
- Escola de Ciências da Saúde e da Vida, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, 90619-900, Brazil
| | - Breno M Freitas
- Departamento de Zootecnia, Campus Universitário do Pici, Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Fortaleza, CE, Brazil
| | - Bruno C Albertini
- Escola Politécnica, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05508-010, Brazil
| | - Camila Maia-Silva
- Departamento de Biociências, Universidade Federal Rural do Semi-Árido, Av. Francisco Mota, n° 572, Presidente Costa e Silva, Mossoró, RN, 59625-900, Brazil
| | - Carlos E P Nunes
- Department of Biological and Environmental Sciences, Cottrell Building, University of Stirling, Stirling FK9 4LA, Scotland, United Kingdom
| | - Carmen S S Pires
- Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Brasília, Distrito Federal, Brazil
| | - Charles F dos Santos
- Escola de Ciências da Saúde e da Vida, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, 90619-900, Brazil
| | - Elisa P Queiroz
- Departamento de Ecologia, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil
| | - Etienne A Cartolano
- Escola Politécnica, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05508-010, Brazil
| | - Favízia F de Oliveira
- Laboratório de Bionomia, Biogeografia e Sistemática de Insetos (BIOSIS), Instituto de Biologia (IBIO), Universidade Federal da Bahia, 40170-115 Salvador, Bahia, Brazil
| | - Felipe W Amorim
- Laboratório de Ecologia da Polinização e Interações (LEPI), Programa de Pós-graduação em Botânica, Programa de Pós-graduação em Zoologia, Instituto de Biociências, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, SP, Brazil
| | - Francisco E Fontúrbel
- Instituto de Biología, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Valparaíso, Chile
| | - Gleycon V da Silva
- Programa de Pós-Graduação em Ecologia / INPA-V8 - Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Av. André Araújo 2936, Petrópolis, 69067-375, Manaus - AM, Brazil
| | - Hélder Consolaro
- Instituto de Biotecnologia, Universidade Federal de Catalão, Catalão, Goiás, Brazil
| | - Isabel Alves-dos-Santos
- Departamento de Ecologia, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil
| | - Isabel C Machado
- Programa de Pós-Graduação em Biologia Vegetal, Departamento de Botânica, Universidade Federal de Pernambuco, Recife, PE 50670-901, Brazil
| | - Juliana S Silva
- Instituto Federal de Educação Ciência e Tecnologia de Mato Grosso, Avenida Sen. Filinto Müller, 953 - CEP: 78043-400 - Cuiabá, MT, Brazil
| | - Kátia P Aleixo
- Associação Brasileira de Estudos das Abelhas (A.B.E.L.H.A.), São Paulo, SP, 04535-001, Brazil
| | - Luísa G Carvalheiro
- Departamento de Ecologia, Universidade Federal de Goiás, Campus Samambaia, Goiânia, Brazil Centre for Ecology, Evolution and Environmental Changes (cE3c), University of Lisboa, Lisbon, Portugal
| | - Márcia A Rocca
- Departamento de Ecologia, Centro de Ciências Biológicas e da Saúde, Universidade Federal de Sergipe, Avenida Marechal Rondon s/n, São Cristóvão, Sergipe, 49100-000, Brazil
| | - Mardiore Pinheiro
- Universidade Federal da Fronteira Sul, R. Major Antônio Cardoso 590, Cerro Largo, Rio Grande do Sul, 97900-000, Brazil
| | - Michael Hrncir
- Departamento de Fisiologia, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, Rua do Matão, 321, Travessa 14, São Paulo, São Paulo, 05508-900, Brazil
| | - Nathália S Streher
- Department of Biological Sciences, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA,15260, United States of America
| | - Patricia A Ferreira
- Environmental Sciences Department, Federal University of São Carlos, São Paulo, Brazil
| | | | - Pietro K Maruyama
- Centro de Síntese Ecológica e Conservação, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
| | - Rafael C Borges
- Instituto Tecnológico Vale. Rua Boaventura da Silva, 955, 66055-900, Belém, Pará, Brazil
| | - Tereza C Giannini
- Instituto Tecnológico Vale. Rua Boaventura da Silva, 955, 66055-900, Belém, Pará, Brazil
| | - Vinícius L G Brito
- Instituto de Biologia, Universidade Federal de Uberlândia, Rua Ceará sn, Uberlândia, Minas Gerais, 38.405-302, Brazil
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