1
|
Doyen V, Poirot A, Maumy-Bertrand M, Bertrand F, Khayath N, Domis N, de Blay F. Induction of immunosuppressive CD39 but not the trafficking C-C chemokine receptor 4 on Treg during LAR in mite allergic asthma. Allergy 2023. [PMID: 36811418 DOI: 10.1111/all.15681] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 08/21/2022] [Revised: 01/14/2023] [Accepted: 02/04/2023] [Indexed: 02/24/2023]
Affiliation(s)
- Virginie Doyen
- Department of Chest Medicine, CHU UCL Namur, Université Catholique de Louvain, Yvoir, Belgium
| | - Anh Poirot
- Chest diseases Department, Strasbourg University Hospital, Strasbourg, France
| | - Myriam Maumy-Bertrand
- LIST3N, Université de Technologie de Troyes, Troyes, France.,IRMA, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Frederic Bertrand
- LIST3N, Université de Technologie de Troyes, Troyes, France.,IRMA, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Naji Khayath
- Chest diseases Department, Strasbourg University Hospital, Strasbourg, France.,EA 3070 Federation of Translational Medicine, FHU Homicare, University of Strasbourg, Strasbourg, France.,CRISALIS / F-CRIN INSERM Network, Toulouse, France
| | - Nathalie Domis
- ALYATEC, Environmental Exposure Chamber, Strasbourg, France
| | - Frederic de Blay
- Chest diseases Department, Strasbourg University Hospital, Strasbourg, France.,EA 3070 Federation of Translational Medicine, FHU Homicare, University of Strasbourg, Strasbourg, France.,CRISALIS / F-CRIN INSERM Network, Toulouse, France.,ALYATEC, Environmental Exposure Chamber, Strasbourg, France
| |
Collapse
|
2
|
Cheviet A, Bonnefond A, Bertrand F, Maumy-Bertrand M, Doignon-Camus N. How visual attention span and phonological skills contribute to N170 print tuning: An EEG study in French dyslexic students. Brain Lang 2022; 234:105176. [PMID: 36063725 DOI: 10.1016/j.bandl.2022.105176] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Track Full Text] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 11/06/2021] [Revised: 08/17/2022] [Accepted: 08/19/2022] [Indexed: 06/15/2023]
Abstract
Developmental dyslexia is a disorder characterized by a sustainable learning deficit in reading. Based on ERP-driven approaches focusing on the visual word form area, electrophysiological studies have pointed a lack of visual expertise for written word recognition in dyslexic readers by contrasting the left-lateralized N170 amplitudes elicited by alphabetic versus non-alphabetic stimuli. Here, we investigated in 22 dyslexic participants and 22 age-matched control subjects how two behavioural abilities potentially affected in dyslexic readers (phonological and visual attention skills) contributed to the N170 expertise during a word detection task. Consistent with literature, dyslexic participants exhibited poorer performance in these both abilities as compared to healthy subjects. At the brain level, we observed (1) an unexpected preservation of the N170 expertise in the dyslexic group suggesting a possible compensatory mechanism and (2) a modulation of this expertise only by phonological skills, providing evidence for the phonological mapping deficit hypothesis.
Collapse
Affiliation(s)
- Alexis Cheviet
- Department of Psychology, Durham University, South Road, Durham DH1 3LE, United Kingdom.
| | - Anne Bonnefond
- Department of Psychiatry, University of Strasbourg, INSERM U1114, Strasbourg, France
| | - Frédéric Bertrand
- LIST3N, Université de Technologie de Troyes, Troyes, France; Institut de Recherche Mathématique Avancée, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Myriam Maumy-Bertrand
- LIST3N, Université de Technologie de Troyes, Troyes, France; Institut de Recherche Mathématique Avancée, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Nadège Doignon-Camus
- LISEC UR 2310, University of Strasbourg, University of Haute-Alsace, University of Lorraine, Strasbourg, France
| |
Collapse
|
3
|
Carapito R, Aouadi I, Verniquet M, Untrau M, Pichot A, Beaudrey T, Bassand X, Meyer S, Faucher L, Posson J, Morlon A, Kotova I, Delbos F, Walencik A, Aarnink A, Kennel A, Suberbielle C, Taupin JL, Matern BM, Spierings E, Congy-Jolivet N, Essaydi A, Perrin P, Blancher A, Charron D, Cereb N, Maumy-Bertrand M, Bertrand F, Garrigue V, Pernin V, Weekers L, Naesens M, Kamar N, Legendre C, Glotz D, Caillard S, Ladrière M, Giral M, Anglicheau D, Süsal C, Bahram S. The MHC class I MICA gene is a histocompatibility antigen in kidney transplantation. Nat Med 2022; 28:989-998. [PMID: 35288692 PMCID: PMC9117142 DOI: 10.1038/s41591-022-01725-2] [Citation(s) in RCA: 14] [Impact Index Per Article: 7.0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 06/14/2021] [Accepted: 01/31/2022] [Indexed: 01/10/2023]
Abstract
The identity of histocompatibility loci, besides human leukocyte antigen (HLA), remains elusive. The major histocompatibility complex (MHC) class I MICA gene is a candidate histocompatibility locus. Here, we investigate its role in a French multicenter cohort of 1,356 kidney transplants. MICA mismatches were associated with decreased graft survival (hazard ratio (HR), 2.12; 95% confidence interval (CI): 1.45–3.11; P < 0.001). Both before and after transplantation anti-MICA donor-specific antibodies (DSA) were strongly associated with increased antibody-mediated rejection (ABMR) (HR, 3.79; 95% CI: 1.94–7.39; P < 0.001; HR, 9.92; 95% CI: 7.43–13.20; P < 0.001, respectively). This effect was synergetic with that of anti-HLA DSA before and after transplantation (HR, 25.68; 95% CI: 3.31–199.41; P = 0.002; HR, 82.67; 95% CI: 33.67–202.97; P < 0.001, respectively). De novo-developed anti-MICA DSA were the most harmful because they were also associated with reduced graft survival (HR, 1.29; 95% CI: 1.05–1.58; P = 0.014). Finally, the damaging effect of anti-MICA DSA on graft survival was confirmed in an independent cohort of 168 patients with ABMR (HR, 1.71; 95% CI: 1.02–2.86; P = 0.041). In conclusion, assessment of MICA matching and immunization for the identification of patients at high risk for transplant rejection and loss is warranted. Analysis of a multicenter cohort of kidney transplants shows that mismatches in the MICA locus and the presence of anti-MICA donor-specific antibodies are associated with reduced graft survival and increased rejection.
Collapse
Affiliation(s)
- Raphael Carapito
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Franco (Strasbourg)-Japanese (Nagano) Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France. .,Laboratoire d'Immunologie, Plateau Technique de Biologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Strasbourg, France. .,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France.
| | - Ismail Aouadi
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Franco (Strasbourg)-Japanese (Nagano) Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Martin Verniquet
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Franco (Strasbourg)-Japanese (Nagano) Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Meiggie Untrau
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Franco (Strasbourg)-Japanese (Nagano) Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Angélique Pichot
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Franco (Strasbourg)-Japanese (Nagano) Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Thomas Beaudrey
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France.,Nephrology-Transplantation Department, University Hospital, Strasbourg, France
| | - Xavier Bassand
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France.,Nephrology-Transplantation Department, University Hospital, Strasbourg, France
| | - Sébastien Meyer
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Franco (Strasbourg)-Japanese (Nagano) Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Loic Faucher
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,CHU Nantes, Université de Nantes, INSERM, Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie, UMR 1064, ITUN, Nantes, France
| | - Juliane Posson
- Paris Translational Research Center for Organ Transplantation, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), UMR_S 970, Paris, France.,Kidney Transplant Department, Saint-Louis Hospital, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Paris, France
| | - Aurore Morlon
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,BIOMICA SAS, Strasbourg, France
| | - Irina Kotova
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,BIOMICA SAS, Strasbourg, France
| | - Florent Delbos
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Etablissement Français du Sang (EFS) Centre Pays de la Loire, Laboratoire HLA, Nantes, France
| | - Alexandre Walencik
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Etablissement Français du Sang (EFS) Centre Pays de la Loire, Laboratoire HLA, Nantes, France
| | - Alice Aarnink
- Laboratory of Histocompatibility, Centre Hospitalier Régional Universitaire, Nancy, France
| | - Anne Kennel
- Laboratory of Histocompatibility, Centre Hospitalier Régional Universitaire, Nancy, France
| | - Caroline Suberbielle
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire Jean Dausset, Laboratoire d'Immunologie et d'Histocompatibilité, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S 976, Human Immunology, Pathophysiology, Immunotherapy (HIPI), Institut de Recherche Saint-Louis Université de Paris, Hôpital Saint-Louis, Paris, France
| | - Jean-Luc Taupin
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire Jean Dausset, Laboratoire d'Immunologie et d'Histocompatibilité, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S 976, Human Immunology, Pathophysiology, Immunotherapy (HIPI), Institut de Recherche Saint-Louis Université de Paris, Hôpital Saint-Louis, Paris, France
| | - Benedict M Matern
- Center of Translational Immunology, HLA and Tissue Typing, University Medical Center Utrecht, Utrecht, The Netherlands
| | - Eric Spierings
- Center of Translational Immunology, HLA and Tissue Typing, University Medical Center Utrecht, Utrecht, The Netherlands
| | - Nicolas Congy-Jolivet
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Immunogénétique Moléculaire (LIMT, EA 3034), Faculté de Médecine Purpan, Université Toulouse III (Université Paul Sabatier, UPS), Toulouse, France.,Laboratoire d'Immunologie, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse, Toulouse, France
| | - Arnaud Essaydi
- Etablissement Français du Sang (EFS) Grand-Est, Laboratoire HLA, Strasbourg, France
| | - Peggy Perrin
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France.,Nephrology-Transplantation Department, University Hospital, Strasbourg, France
| | - Antoine Blancher
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Immunogénétique Moléculaire (LIMT, EA 3034), Faculté de Médecine Purpan, Université Toulouse III (Université Paul Sabatier, UPS), Toulouse, France.,Laboratoire d'Immunologie, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse, Toulouse, France
| | - Dominique Charron
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire Jean Dausset, Laboratoire d'Immunologie et d'Histocompatibilité, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S 976, Human Immunology, Pathophysiology, Immunotherapy (HIPI), Institut de Recherche Saint-Louis Université de Paris, Hôpital Saint-Louis, Paris, France
| | | | - Myriam Maumy-Bertrand
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut de Recherche Mathématique Avancée (IRMA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) UMR 7501, Laboratoire d'Excellence (LabEx) Institut de Recherche en Mathématiques, Interactions et Applications (IRMIA), Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Frédéric Bertrand
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut de Recherche Mathématique Avancée (IRMA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) UMR 7501, Laboratoire d'Excellence (LabEx) Institut de Recherche en Mathématiques, Interactions et Applications (IRMIA), Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Valérie Garrigue
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Service de Néphrologie-Transplantation-Dialyse Péritonéale, Centre Hospitalier Universitaire Lapeyronie, Montpellier, France
| | - Vincent Pernin
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Service de Néphrologie-Transplantation-Dialyse Péritonéale, Centre Hospitalier Universitaire Lapeyronie, Montpellier, France
| | - Laurent Weekers
- Division of Nephrology, University of Liege Hospital (ULiege CHU), Liege, Belgium
| | - Maarten Naesens
- Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, KU Leuven, Leuven, Belgium
| | - Nassim Kamar
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Departments of Nephrology and Organ Transplantation, Centre Hospitalier Universitaire de Rangueil, INSERM UMR1291 - CNRS UMR5051 - Université Toulouse III, Toulouse Institute for Infectious and Inflammatory Diseases (Infinity), Toulouse, Université Toulouse III Paul Sabatier, Toulouse, France
| | - Christophe Legendre
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Service de Transplantation Rénale Adulte, Hôpital Necker, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Université de Paris, Paris, France
| | - Denis Glotz
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Paris Translational Research Center for Organ Transplantation, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), UMR_S 970, Paris, France.,Kidney Transplant Department, Saint-Louis Hospital, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Paris, France
| | - Sophie Caillard
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France.,Nephrology-Transplantation Department, University Hospital, Strasbourg, France
| | - Marc Ladrière
- Department of Renal Transplantation, Centre Hospitalier Régional Universitaire, Nancy, France
| | - Magali Giral
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,CHU Nantes, Université de Nantes, INSERM, Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie, UMR 1064, ITUN, Nantes, France
| | - Dany Anglicheau
- Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Service de Transplantation Rénale Adulte, Hôpital Necker, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Université de Paris, Paris, France.,Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), UMR_S 1151, Paris, France
| | - Caner Süsal
- Institute of Immunology, Heidelberg University Hospital, Heidelberg, Germany.,Transplant Immunology Research Center of Excellence, Koç University, Istanbul, Turkey
| | - Seiamak Bahram
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,Laboratoire d'Excellence (LabEx) TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Franco (Strasbourg)-Japanese (Nagano) Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France. .,Laboratoire d'Immunologie, Plateau Technique de Biologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Strasbourg, France. .,Institut Thématique Interdisciplinaire (ITI) de Médecine de Précision de Strasbourg, Strasbourg, France.
| |
Collapse
|
4
|
Bertrand F, Aouadi I, Jung N, Carapito R, Vallat L, Bahram S, Maumy-Bertrand M. selectBoost: a general algorithm to enhance the performance of variable selection methods. Bioinformatics 2021; 37:659-668. [PMID: 33016991 PMCID: PMC8097688 DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa855] [Citation(s) in RCA: 1] [Impact Index Per Article: 0.3] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/19/2019] [Revised: 09/02/2020] [Accepted: 09/21/2020] [Indexed: 11/13/2022] Open
Abstract
Motivation With the growth of big data, variable selection has become one of the critical challenges in statistics. Although many methods have been proposed in the literature, their performance in terms of recall (sensitivity) and precision (predictive positive value) is limited in a context where the number of variables by far exceeds the number of observations or in a highly correlated setting. Results In this article, we propose a general algorithm, which improves the precision of any existing variable selection method. This algorithm is based on highly intensive simulations and takes into account the correlation structure of the data. Our algorithm can either produce a confidence index for variable selection or be used in an experimental design planning perspective. We demonstrate the performance of our algorithm on both simulated and real data. We then apply it in two different ways to improve biological network reverse-engineering. Availability and implementation Code is available as the SelectBoost package on the CRAN, https://cran.r-project.org/package=SelectBoost. Some network reverse-engineering functionalities are available in the Patterns CRAN package, https://cran.r-project.org/package=Patterns. Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Collapse
Affiliation(s)
- Frédéric Bertrand
- Institut de Recherche Mathématique Avancée, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Université de Technologie de Troyes, ICD, ROSAS, M2S, Troyes, France
| | - Ismaïl Aouadi
- ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S 1109, LabEx TRANSPLANTEX, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire International Associé (LIA) INSERM, Strasbourg (France) - Nagano (Japan), Strasbourg, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Laboratoire Central d'Immunologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Nicolas Jung
- Institut de Recherche Mathématique Avancée, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S 1109, LabEx TRANSPLANTEX, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Raphael Carapito
- ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S 1109, LabEx TRANSPLANTEX, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire International Associé (LIA) INSERM, Strasbourg (France) - Nagano (Japan), Strasbourg, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Laboratoire Central d'Immunologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Laurent Vallat
- ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S 1109, LabEx TRANSPLANTEX, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Laboratoire Central d'Immunologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Seiamak Bahram
- ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S 1109, LabEx TRANSPLANTEX, Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire International Associé (LIA) INSERM, Strasbourg (France) - Nagano (Japan), Strasbourg, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Laboratoire Central d'Immunologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Myriam Maumy-Bertrand
- Institut de Recherche Mathématique Avancée, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| |
Collapse
|
5
|
Schleiss C, Carapito R, Fornecker LM, Muller L, Paul N, Tahar O, Pichot A, Tavian M, Nicolae A, Miguet L, Mauvieux L, Herbrecht R, Cianferani S, Freund JN, Carapito C, Maumy-Bertrand M, Bahram S, Bertrand F, Vallat L. Temporal multiomic modeling reveals a B-cell receptor proliferative program in chronic lymphocytic leukemia. Leukemia 2021; 35:1463-1474. [PMID: 33833385 PMCID: PMC8102193 DOI: 10.1038/s41375-021-01221-5] [Citation(s) in RCA: 5] [Impact Index Per Article: 1.7] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Grants] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 10/01/2020] [Revised: 02/21/2021] [Accepted: 03/09/2021] [Indexed: 02/02/2023]
Abstract
B-cell receptor (BCR) signaling is crucial for the pathophysiology of most mature B-cell lymphomas/leukemias and has emerged as a therapeutic target whose effectiveness remains limited by the occurrence of mutations. Therefore, deciphering the cellular program activated downstream this pathway has become of paramount importance for the development of innovative therapies. Using an original ex vivo model of BCR-induced proliferation of chronic lymphocytic leukemia cells, we generated 108 temporal transcriptional and proteomic profiles from 1 h up to 4 days after BCR activation. This dataset revealed a structured temporal response composed of 13,065 transcripts and 4027 proteins, comprising a leukemic proliferative signature consisting of 430 genes and 374 proteins. Mathematical modeling of this complex cellular response further highlighted a transcriptional network driven by 14 early genes linked to proteins involved in cell proliferation. This group includes expected genes (EGR1/2, NF-kB) and genes involved in NF-kB signaling modulation (TANK, ROHF) and immune evasion (KMO, IL4I1) that have not yet been associated with leukemic cells proliferation. Our study unveils the BCR-activated proliferative genetic program in primary leukemic cells. This approach combining temporal measurements with modeling allows identifying new putative targets for innovative therapy of lymphoid malignancies and also cancers dependent on ligand-receptor interactions.
Collapse
Affiliation(s)
- Cedric Schleiss
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Plateforme Genomax, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) Omicare, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Raphael Carapito
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Plateforme Genomax, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) Omicare, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
- Laboratoire d'Immunologie, Plateau Technique de Biologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Strasbourg, France
| | - Luc-Matthieu Fornecker
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France
- Service d'Hématologie, Institut de Cancérologie Strasbourg Europe (ICANS), Strasbourg, France
| | - Leslie Muller
- Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique, Université de Strasbourg, CNRS, IPHC, UMR 7178, Strasbourg, France
| | - Nicodème Paul
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Plateforme Genomax, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) Omicare, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Ouria Tahar
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Plateforme Genomax, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) Omicare, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
- Laboratoire d'Immunologie, Plateau Technique de Biologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Strasbourg, France
| | - Angelique Pichot
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Plateforme Genomax, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) Omicare, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Manuela Tavian
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France
| | - Alina Nicolae
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France
| | - Laurent Miguet
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France
- Laboratoire d'Hématologie, Pôle de Biologie, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Laurent Mauvieux
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France
- Laboratoire d'Hématologie, Pôle de Biologie, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Raoul Herbrecht
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France
- Service d'Hématologie, Institut de Cancérologie Strasbourg Europe (ICANS), Strasbourg, France
| | - Sarah Cianferani
- Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique, Université de Strasbourg, CNRS, IPHC, UMR 7178, Strasbourg, France
| | - Jean-Noel Freund
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France
| | - Christine Carapito
- Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique, Université de Strasbourg, CNRS, IPHC, UMR 7178, Strasbourg, France
| | - Myriam Maumy-Bertrand
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) Omicare, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
- Institut de Recherche Mathématique Avancée, CNRS UMR 7501, LabEx IRMIA, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Seiamak Bahram
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Plateforme Genomax, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) Omicare, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
- Laboratoire d'Immunologie, Plateau Technique de Biologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Strasbourg, France
| | - Frederic Bertrand
- Institut de Recherche Mathématique Avancée, CNRS UMR 7501, LabEx IRMIA, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) Omicare, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.
- Institut Charles Delaunay, ROSAS, M2S, Université de Technologie de Troyes, Troyes, France.
| | - Laurent Vallat
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Plateforme Genomax, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) Omicare, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.
- Laboratoire d'Immunologie, Plateau Technique de Biologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Strasbourg, France.
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France.
- Laboratoire d'Hématologie, Pôle de Biologie, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France.
| |
Collapse
|
6
|
Bons J, Husson G, Chion M, Bonnet M, Maumy-Bertrand M, Delalande F, Cianférani S, Bertrand F, Picard B, Carapito C. Combining label-free and label-based accurate quantifications with SWATH-MS: Comparison with SRM and PRM for the evaluation of bovine muscle type effects. Proteomics 2021; 21:e2000214. [PMID: 33733615 DOI: 10.1002/pmic.202000214] [Citation(s) in RCA: 4] [Impact Index Per Article: 1.3] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 08/03/2020] [Revised: 03/06/2021] [Accepted: 03/08/2021] [Indexed: 11/11/2022]
Abstract
Mass spectrometry has proven to be a valuable tool for the accurate quantification of proteins. In this study, the performances of three targeted approaches, namely selected reaction monitoring (SRM), parallel reaction monitoring (PRM) and sequential windowed acquisition of all theoretical fragment ion mass spectra (SWATH-MS), to accurately quantify ten potential biomarkers of beef meat tenderness or marbling in a cohort of 64 muscle samples were evaluated. So as to get the most benefit out of the complete MS2 maps that are acquired in SWATH-MS, an original label-free quantification method to estimate protein amounts using an I-spline regression model was developed. Overall, SWATH-MS outperformed SRM in terms of sensitivity and dynamic range, while PRM still performed the best, and all three strategies showed similar quantification accuracies and precisions for the absolute quantification of targets of interest. This targeted picture was extended by 585 additional proteins for which amounts were estimated using the label-free approach on SWATH-MS; thus, offering a more global profiling of muscle proteomes and further insights into muscle type effect on candidate biomarkers of beef meat qualities as well as muscle metabolism.
Collapse
Affiliation(s)
- Joanna Bons
- Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique, IPHC UMR7178, CNRS, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Gauthier Husson
- Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique, IPHC UMR7178, CNRS, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Marie Chion
- Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique, IPHC UMR7178, CNRS, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut de Recherche Mathématique Avancée, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Muriel Bonnet
- Université Clermont Auvergne, Saint-Genès-Champanelle, France
| | - Myriam Maumy-Bertrand
- Institut de Recherche Mathématique Avancée, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - François Delalande
- Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique, IPHC UMR7178, CNRS, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Sarah Cianférani
- Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique, IPHC UMR7178, CNRS, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Frédéric Bertrand
- Laboratoire de Modélisation et Sûreté des Systèmes, Institut Charles Delaunay, Université de Technologie de Troyes, Troyes, France
| | - Brigitte Picard
- Université Clermont Auvergne, Saint-Genès-Champanelle, France
| | - Christine Carapito
- Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique, IPHC UMR7178, CNRS, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| |
Collapse
|
7
|
Hamaoui J, Maumy-Bertrand M, Segond H. Laterality and visuospatial strategies among young children: A novel 3D-2D transcription task. Laterality 2021; 26:645-679. [PMID: 33634737 DOI: 10.1080/1357650x.2021.1892715] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 10/22/2022]
Abstract
Recent findings showed that children, like adults, exhibit directional biases leading to asymmetrical drawings. This appears to be the result of a complex interaction between several biological, motoric, and cultural factors. We created a drawing task designed to investigate the influence of laterality (i.e., hemispherical functional specialization and handedness) and sex on children's graphical asymmetries. This task consists of transcribing a symmetrical three-dimensional landscape model to a two-dimensional representation. Sixty-six French pre-school children, aged between 5 and 6 years, were asked to undertake the 3D-2D transcription task, as well as the classical Alter's directionality task. The novel task exhibited higher sensitivity than the Alter's directionality test when examining the spatial biases resulting from handedness, and sex. Specific drawing patterns related to these variables were identified. These results suggest that, in addition to the influence of biomechanical factors and handedness, sex plays a role in children's early graphomotor development. They also support the influence of laterality as a key factor underlying early directional biases.
Collapse
Affiliation(s)
- Jad Hamaoui
- Laboratoire de Psychologie des Cognitions (UR 4440), Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | | | - Hervé Segond
- Laboratoire de Psychologie des Cognitions (UR 4440), Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| |
Collapse
|
8
|
Doyen V, Poirot A, Maumy-Bertrand M, Domis N, Khayath N, Corazza F, De Blay F. EEC exposure to mite in allergic asthma induces an increase of function and recruitment molecules on blood Treg. J Allergy Clin Immunol 2021. [DOI: 10.1016/j.jaci.2020.12.218] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/16/2022]
|
9
|
Carapito R, Aouadi I, Pichot A, Spinnhirny P, Morlon A, Kotova I, Macquin C, Rolli V, Cesbron A, Gagne K, Oudshoorn M, van der Holt B, Labalette M, Spierings E, Picard C, Loiseau P, Tamouza R, Toubert A, Parissiadis A, Dubois V, Paillard C, Maumy-Bertrand M, Bertrand F, von dem Borne PA, Kuball JHE, Michallet M, Lioure B, Peffault de Latour R, Blaise D, Cornelissen JJ, Yakoub-Agha I, Claas F, Moreau P, Charron D, Mohty M, Morishima Y, Socié G, Bahram S. Compatibility at amino acid position 98 of MICB reduces the incidence of graft-versus-host disease in conjunction with the CMV status. Bone Marrow Transplant 2020; 55:1367-1378. [PMID: 32286503 DOI: 10.1038/s41409-020-0886-5] [Citation(s) in RCA: 9] [Impact Index Per Article: 2.3] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/17/2019] [Revised: 03/17/2020] [Accepted: 03/23/2020] [Indexed: 11/10/2022]
Abstract
Graft-versus-host disease (GVHD) and cytomegalovirus (CMV)-related complications are leading causes of mortality after unrelated-donor hematopoietic cell transplantation (UD-HCT). The non-conventional MHC class I gene MICB, alike MICA, encodes a stress-induced polymorphic NKG2D ligand. However, unlike MICA, MICB interacts with the CMV-encoded UL16, which sequestrates MICB intracellularly, leading to immune evasion. Here, we retrospectively analyzed the impact of mismatches in MICB amino acid position 98 (MICB98), a key polymorphic residue involved in UL16 binding, in 943 UD-HCT pairs who were allele-matched at HLA-A, -B, -C, -DRB1, -DQB1 and MICA loci. HLA-DP typing was further available. MICB98 mismatches were significantly associated with an increased incidence of acute (grade II-IV: HR, 1.20; 95% CI, 1.15 to 1.24; P < 0.001; grade III-IV: HR, 2.28; 95% CI, 1.56 to 3.34; P < 0.001) and chronic GVHD (HR, 1.21; 95% CI, 1.10 to 1.33; P < 0.001). MICB98 matching significantly reduced the effect of CMV status on overall mortality from a hazard ratio of 1.77 to 1.16. MICB98 mismatches showed a GVHD-independent association with a higher incidence of CMV infection/reactivation (HR, 1.84; 95% CI, 1.34 to 2.51; P < 0.001). Hence selecting a MICB98-matched donor significantly reduces the GVHD incidence and lowers the impact of CMV status on overall survival.
Collapse
Affiliation(s)
- Raphael Carapito
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France. .,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Nagano, Japan. .,Laboratoire d'Immunologie, Plateau Technique de Biologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Strasbourg, France.
| | - Ismail Aouadi
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France.,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Nagano, Japan
| | - Angélique Pichot
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France.,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Nagano, Japan
| | - Perrine Spinnhirny
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France.,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Nagano, Japan
| | - Aurore Morlon
- Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,BIOMICA SAS, Strasbourg, France
| | - Irina Kotova
- Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,BIOMICA SAS, Strasbourg, France
| | - Cécile Macquin
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France.,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Nagano, Japan
| | - Véronique Rolli
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France.,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Nagano, Japan
| | - Anne Cesbron
- Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Etablissement Français du Sang (EFS) Centre-Pays de la Loire, Laboratoire HLA, Nantes, France.,Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Société Francophone d'Histocompatibilité et d'Immunogénétique (SFHI), Paris, France
| | - Katia Gagne
- Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Etablissement Français du Sang (EFS) Centre-Pays de la Loire, Laboratoire HLA, Nantes, France.,INSERM 1232, CRCINA, Université Nantes-Angers, Nantes, France
| | - Machteld Oudshoorn
- Europdonor operated by Matchis Foundation, Leiden, The Netherlands.,Department of Immunohematology and Blood transfusion, LUMC, Leiden, The Netherlands
| | - Bronno van der Holt
- HOVON Data Center, Department of Hematology, Erasmus MC Cancer Institute, Rotterdam, The Netherlands
| | - Myriam Labalette
- Laboratoire d'Immunologie, CHRU de Lille, Lille, France.,LIRIC INSERM U995, Université Lille 2, Lille, France
| | - Eric Spierings
- Laboratory for Translational Immunology, University Medical Center Utrecht, Utrecht, The Netherlands
| | - Christophe Picard
- CNRS, EFS-PACA, ADES UMR 7268, Aix-Marseille Université, Marseille, France
| | - Pascale Loiseau
- Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Laboratoire Jean Dausset, INSERM UMR_S 1160, Hôpital Saint-Louis, Paris, France
| | - Ryad Tamouza
- Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire Jean Dausset, INSERM UMR_S 1160, Hôpital Saint-Louis, Paris, France
| | - Antoine Toubert
- Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Laboratoire Jean Dausset, INSERM UMR_S 1160, Hôpital Saint-Louis, Paris, France
| | - Anne Parissiadis
- Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Etablissement Français du Sang (EFS) Grand-Est, Laboratoire HLA, Strasbourg, France
| | - Valérie Dubois
- Etablissement Français du Sang (EFS) Rhône-Alpes, Laboratoire HLA, Lyon, France
| | - Catherine Paillard
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Service d'Hématologie et d'Oncologie pédiatrique, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Myriam Maumy-Bertrand
- Institut de Recherche Mathématique Avancée, CNRS UMR 7501, LabEx Institut de Recherche en Mathématiques, ses Interactions et Applications, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Frédéric Bertrand
- Institut de Recherche Mathématique Avancée, CNRS UMR 7501, LabEx Institut de Recherche en Mathématiques, ses Interactions et Applications, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | | | - Jürgen H E Kuball
- Department of Hematology, University Medical Center Utrecht, Utrecht, The Netherlands
| | - Mauricette Michallet
- Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Centre Hospitalier Lyon Sud, Hématologie 1G, Hospices Civils de Lyon, Pierre Bénite, Lyon, France
| | - Bruno Lioure
- Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Service d'Hématologie Adulte, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Régis Peffault de Latour
- Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Service d'Hématologie - Greffe, Hôpital Saint-Louis, APHP, Paris, France
| | - Didier Blaise
- Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Institut Paoli Calmettes, Marseille, France
| | - Jan J Cornelissen
- Department of Hematology and ErasmusMC Cancer Institute, Erasmus University Medical Center, Rotterdam, The Netherlands
| | - Ibrahim Yakoub-Agha
- Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,LIRIC INSERM U995, Université Lille 2, Lille, France
| | - Frans Claas
- Department of Immunohematology and Blood transfusion, LUMC, Leiden, The Netherlands
| | - Philippe Moreau
- Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Service d'Hématologie Clinique, CHU Hôtel Dieu, Nantes, France
| | - Dominique Charron
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire Jean Dausset, INSERM UMR_S 1160, Hôpital Saint-Louis, Paris, France
| | - Mohamad Mohty
- Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Département d'Hématologie, Hôpital Saint Antoine, Paris, France.,Université Pierre & Marie Curie, Paris, France.,Centre de Recherche Saint-Antoine, INSERM UMR_S 938, Paris, France
| | - Yasuo Morishima
- Division of Epidemiology and Prevention, Aichi Cancer Center Research Institute, 1-1 Kanokoden, Chikusa-ku, Nagoya, Japan
| | - Gérard Socié
- Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Société Francophone de Greffe de Moelle et de Thérapie Cellulaire (SFGM-TC), Hôpital Edouard Herriot, CHU, Lyon, France.,Service d'Hématologie Adulte, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Seiamak Bahram
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR_S1109, Plateforme GENOMAX, Faculté de Médecine, Fédération Hospitalo-Universitaire OMICARE, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,Labex TRANSPLANTEX, Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Strasbourg, France. .,INSERM Franco-Japanese Nextgen HLA Laboratory, Nagano, Japan. .,Laboratoire d'Immunologie, Plateau Technique de Biologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Strasbourg, France.
| |
Collapse
|
10
|
Nengsih TA, Bertrand F, Maumy-Bertrand M, Meyer N. Determining the number of components in PLS regression on incomplete data set. Stat Appl Genet Mol Biol 2019; 18:/j/sagmb.ahead-of-print/sagmb-2018-0059/sagmb-2018-0059.xml. [PMID: 31693499 DOI: 10.1515/sagmb-2018-0059] [Citation(s) in RCA: 11] [Impact Index Per Article: 2.2] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/15/2022]
Abstract
Partial least squares regression - or PLS regression - is a multivariate method in which the model parameters are estimated using either the SIMPLS or NIPALS algorithm. PLS regression has been extensively used in applied research because of its effectiveness in analyzing relationships between an outcome and one or several components. Note that the NIPALS algorithm can provide estimates parameters on incomplete data. The selection of the number of components used to build a representative model in PLS regression is a central issue. However, how to deal with missing data when using PLS regression remains a matter of debate. Several approaches have been proposed in the literature, including the Q2 criterion, and the AIC and BIC criteria. Here we study the behavior of the NIPALS algorithm when used to fit a PLS regression for various proportions of missing data and different types of missingness. We compare criteria to select the number of components for a PLS regression on incomplete data set and on imputed data set using three imputation methods: multiple imputation by chained equations, k-nearest neighbour imputation, and singular value decomposition imputation. We tested various criteria with different proportions of missing data (ranging from 5% to 50%) under different missingness assumptions. Q2-leave-one-out component selection methods gave more reliable results than AIC and BIC-based ones.
Collapse
Affiliation(s)
- Titin Agustin Nengsih
- IRMA, CNRS UMR 7501, Université de Strasbourg, 67084 Strasbourg, Cedex, France.,iCUBE, CNRS UMR 7357, Université de Strasbourg, 67400 Strasbourg, France
| | - Frédéric Bertrand
- IRMA, CNRS UMR 7501, Université de Strasbourg, 67084 Strasbourg, Cedex, France
| | | | - Nicolas Meyer
- iCUBE, CNRS UMR 7357, Université de Strasbourg, 67400 Strasbourg, France.,GMRC, Public Health Department, Strasbourg University Hospital, Strasbourg, France
| |
Collapse
|
11
|
Tetsi L, Charles AL, Georg I, Goupilleau F, Lejay A, Talha S, Maumy-Bertrand M, Lugnier C, Geny B. Effect of the Phosphodiesterase 5 Inhibitor Sildenafil on Ischemia-Reperfusion-Induced Muscle Mitochondrial Dysfunction and Oxidative Stress. Antioxidants (Basel) 2019; 8:antiox8040093. [PMID: 30959961 PMCID: PMC6523910 DOI: 10.3390/antiox8040093] [Citation(s) in RCA: 7] [Impact Index Per Article: 1.4] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 03/28/2019] [Revised: 04/04/2019] [Accepted: 04/05/2019] [Indexed: 12/12/2022] Open
Abstract
Lower-limb ischemia-reperfusion (IR) is frequent and associated with significant morbidity and mortality. Phosphodiesterase 5 inhibitors demonstrated antioxidant and beneficial effects in several organs submitted to IR, but their effects on muscle mitochondrial functions after lower-limb IR are unknown. Unilateral hindlimb IR (2 h tourniquet followed by 2 h reperfusion) without or with sildenafil (1mg/kg ip 30 minutes before ischemia) was performed in 18 mice. Maximal oxidative capacity (VMax), relative contribution of the mitochondrial respiratory chain complexes, calcium retention capacity (CRC)—a marker of apoptosis—and reactive oxygen species (ROS) production were determined using high-resolution respirometry, spectrofluorometry, and electron paramagnetic resonance in gastrocnemius muscles from both hindlimbs. IR significantly reduced mitochondrial VMax (from 11.79 ± 1.74 to 4.65 ± 1.11 pmol/s*mg wet weight (ww), p < 0.05, −50.2 ± 16.3%) and CRC (from 2.33 ± 0.41 to 0.84 ± 0.18 µmol/mg dry weight (dw), p < 0.05; −61.1 ± 6.8%). ROS tended to increase in the ischemic limb (+64.3 ± 31.9%, p = 0.08). Although tending to reduce IR-related ROS production (−42.4%), sildenafil failed to reduce muscle mitochondrial dysfunctions (−63.3 ± 9.2%, p < 0.001 and −55.2 ± 7.6% p < 0.01 for VMax, and CRC, respectively). In conclusion, lower limb IR impaired skeletal muscle mitochondrial function, but, despite tending to reduce ROS production, pharmacological preconditioning with sildenafil did not show protective effects.
Collapse
Affiliation(s)
- Liliane Tetsi
- Unistra, Fédération de Médecine Translationnelle, Equipe d'Accueil 3072, « Mitochondrie, Stress oxydant et Protection Musculaire », Institut de Physiologie, 67000 CEDEX, France.
| | - Anne-Laure Charles
- Unistra, Fédération de Médecine Translationnelle, Equipe d'Accueil 3072, « Mitochondrie, Stress oxydant et Protection Musculaire », Institut de Physiologie, 67000 CEDEX, France.
| | - Isabelle Georg
- Unistra, Fédération de Médecine Translationnelle, Equipe d'Accueil 3072, « Mitochondrie, Stress oxydant et Protection Musculaire », Institut de Physiologie, 67000 CEDEX, France.
| | - Fabienne Goupilleau
- Unistra, Fédération de Médecine Translationnelle, Equipe d'Accueil 3072, « Mitochondrie, Stress oxydant et Protection Musculaire », Institut de Physiologie, 67000 CEDEX, France.
| | - Anne Lejay
- Unistra, Fédération de Médecine Translationnelle, Equipe d'Accueil 3072, « Mitochondrie, Stress oxydant et Protection Musculaire », Institut de Physiologie, 67000 CEDEX, France.
- Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Service de Physiologie et d'Explorations Fonctionnelles, 67000 Strasbourg, France.
- Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Service de Chirurgie vasculaire et de transplantation rénale, 67000 Strasbourg, France.
| | - Samy Talha
- Unistra, Fédération de Médecine Translationnelle, Equipe d'Accueil 3072, « Mitochondrie, Stress oxydant et Protection Musculaire », Institut de Physiologie, 67000 CEDEX, France.
- Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Service de Physiologie et d'Explorations Fonctionnelles, 67000 Strasbourg, France.
| | - Myriam Maumy-Bertrand
- IRMA, équipe MoCo et LabEx IRMIA, 7 rue René Descartes, 67084 Strasbourg CEDEX, France.
| | - Claire Lugnier
- Unistra, Fédération de Médecine Translationnelle, Equipe d'Accueil 3072, « Mitochondrie, Stress oxydant et Protection Musculaire », Institut de Physiologie, 67000 CEDEX, France.
| | - Bernard Geny
- Unistra, Fédération de Médecine Translationnelle, Equipe d'Accueil 3072, « Mitochondrie, Stress oxydant et Protection Musculaire », Institut de Physiologie, 67000 CEDEX, France.
- Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Service de Physiologie et d'Explorations Fonctionnelles, 67000 Strasbourg, France.
| |
Collapse
|
12
|
Schleiss C, Ilias W, Tahar O, Güler Y, Miguet L, Mayeur-Rousse C, Mauvieux L, Fornecker LM, Toussaint E, Herbrecht R, Bertrand F, Maumy-Bertrand M, Martin T, Fournel S, Georgel P, Bahram S, Vallat L. BCR-associated factors driving chronic lymphocytic leukemia cells proliferation ex vivo. Sci Rep 2019; 9:701. [PMID: 30679590 PMCID: PMC6345919 DOI: 10.1038/s41598-018-36853-8] [Citation(s) in RCA: 17] [Impact Index Per Article: 3.4] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 04/30/2018] [Accepted: 11/21/2018] [Indexed: 01/18/2023] Open
Abstract
A chronic antigenic stimulation is believed to sustain the leukemogenic development of chronic lymphocytic leukemia (CLL) and most of lymphoproliferative malignancies developed from mature B cells. Reproducing a proliferative stimulation ex vivo is critical to decipher the mechanisms of leukemogenesis in these malignancies. However, functional studies of CLL cells remains limited since current ex vivo B cell receptor (BCR) stimulation protocols are not sufficient to induce the proliferation of these cells, pointing out the need of mandatory BCR co-factors in this process. Here, we investigated benefits of several BCR co-stimulatory molecules (IL-2, IL-4, IL-15, IL-21 and CD40 ligand) in multiple culture conditions. Our results demonstrated that BCR engagement (anti-IgM ligation) concomitant to CD40 ligand, IL-4 and IL-21 stimulation allowed CLL cells proliferation ex vivo. In addition, we established a proliferative advantage for ZAP70 positive CLL cells, associated to an increased phosphorylation of ZAP70/SYK and STAT6. Moreover, the use of a tri-dimensional matrix of methylcellulose and the addition of TLR9 agonists further increased this proliferative response. This ex vivo model of BCR stimulation with T-derived cytokines is a relevant and efficient model for functional studies of CLL as well as lymphoproliferative malignancies.
Collapse
Affiliation(s)
- Cédric Schleiss
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Wassila Ilias
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Ouria Tahar
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Immunologie, Plateau Technique de Biologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Strasbourg, France
| | - Yonca Güler
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France
| | - Laurent Miguet
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Hématologie, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Caroline Mayeur-Rousse
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Hématologie, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Laurent Mauvieux
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France.,Laboratoire d'Hématologie, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Luc-Matthieu Fornecker
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France.,Service d'Hématologie Adulte, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Elise Toussaint
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France.,Service d'Hématologie Adulte, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Raoul Herbrecht
- Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, Strasbourg, France.,Service d'Hématologie Adulte, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Frédéric Bertrand
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut de Recherche Mathématique Avancée IRMA, CNRS UMR 7501, Strasbourg, France
| | - Myriam Maumy-Bertrand
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Institut de Recherche Mathématique Avancée IRMA, CNRS UMR 7501, Strasbourg, France
| | - Thierry Martin
- Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,CNRS UPR 9021 - Immunologie et Chimie Thérapeutiques, Institut de Biologie Moléculaire et cellulaire (IBMC), Strasbourg, France
| | - Sylvie Fournel
- CNRS UMR7199, Université de Strasbourg, Illkirch, France
| | - Philippe Georgel
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Seiamak Bahram
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,Laboratoire d'Immunologie, Plateau Technique de Biologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Strasbourg, France.
| | - Laurent Vallat
- Laboratoire d'ImmunoRhumatologie Moléculaire, INSERM UMR-S1109, LabEx Transplantex, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) OMICARE, Université de Strasbourg, Strasbourg, France. .,Laboratoire d'Immunologie, Plateau Technique de Biologie, Pôle de Biologie, Nouvel Hôpital Civil, Strasbourg, France. .,Université de Strasbourg, INSERM, IRFAC UMR-S1113, and Laboratoire d'Hématologie, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France.
| |
Collapse
|
13
|
Schmidt-Guerre A, Aranda-Hulin B, Maumy-Bertrand M, Aubin F. Description des pratiques des médecins généralistes dans le diagnostic et la prise en charge de la gale commune. Ann Dermatol Venereol 2018; 145:89-94. [DOI: 10.1016/j.annder.2017.09.591] [Citation(s) in RCA: 5] [Impact Index Per Article: 0.8] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 03/08/2017] [Revised: 06/30/2017] [Accepted: 09/26/2017] [Indexed: 10/18/2022]
|
14
|
Schmidt-Guerre AR, Aranda-Hulin B, Maumy-Bertrand M. Évaluation des pratiques des médecins généralistes dans la prise en charge de la gale commune et recours au dermatologue. Ann Dermatol Venereol 2016. [DOI: 10.1016/j.annder.2016.09.521] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 10/20/2022]
|
15
|
Bastien P, Bertrand F, Meyer N, Maumy-Bertrand M. Deviance residuals-based sparse PLS and sparse kernel PLS regression for censored data. ACTA ACUST UNITED AC 2014; 31:397-404. [PMID: 25286920 DOI: 10.1093/bioinformatics/btu660] [Citation(s) in RCA: 22] [Impact Index Per Article: 2.2] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/13/2022]
Abstract
MOTIVATION A vast literature from the past decade is devoted to relating gene profiles and subject survival or time to cancer recurrence. Biomarker discovery from high-dimensional data, such as transcriptomic or single nucleotide polymorphism profiles, is a major challenge in the search for more precise diagnoses. The proportional hazard regression model suggested by Cox (1972), to study the relationship between the time to event and a set of covariates in the presence of censoring is the most commonly used model for the analysis of survival data. However, like multivariate regression, it supposes that more observations than variables, complete data, and not strongly correlated variables are available. In practice, when dealing with high-dimensional data, these constraints are crippling. Collinearity gives rise to issues of over-fitting and model misidentification. Variable selection can improve the estimation accuracy by effectively identifying the subset of relevant predictors and enhance the model interpretability with parsimonious representation. To deal with both collinearity and variable selection issues, many methods based on least absolute shrinkage and selection operator penalized Cox proportional hazards have been proposed since the reference paper of Tibshirani. Regularization could also be performed using dimension reduction as is the case with partial least squares (PLS) regression. We propose two original algorithms named sPLSDR and its non-linear kernel counterpart DKsPLSDR, by using sparse PLS regression (sPLS) based on deviance residuals. We compared their predicting performance with state-of-the-art algorithms on both simulated and real reference benchmark datasets. RESULTS sPLSDR and DKsPLSDR compare favorably with other methods in their computational time, prediction and selectivity, as indicated by results based on benchmark datasets. Moreover, in the framework of PLS regression, they feature other useful tools, including biplots representation, or the ability to deal with missing data. Therefore, we view them as a useful addition to the toolbox of estimation and prediction methods for the widely used Cox's model in the high-dimensional and low-sample size settings. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION The R-package plsRcox is available on the CRAN and is maintained by Frédéric Bertrand. http://cran.r-project.org/web/packages/plsRcox/index.html. CONTACT pbastien@rd.loreal.com or fbertran@math.unistra.fr. SUPPLEMENTARY INFORMATION Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Collapse
Affiliation(s)
- Philippe Bastien
- L'Oréal Recherche & Innovation, 93601 Aulnay-sous-Bois, IRMA, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, 67084 Strasbourg Cedex, INSERM EA3430, Laboratoire de Biostatistique, Faculté de Médecine de Strasbourg, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, 67085 Strasbourg Cedex, France
| | - Frédéric Bertrand
- L'Oréal Recherche & Innovation, 93601 Aulnay-sous-Bois, IRMA, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, 67084 Strasbourg Cedex, INSERM EA3430, Laboratoire de Biostatistique, Faculté de Médecine de Strasbourg, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, 67085 Strasbourg Cedex, France
| | - Nicolas Meyer
- L'Oréal Recherche & Innovation, 93601 Aulnay-sous-Bois, IRMA, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, 67084 Strasbourg Cedex, INSERM EA3430, Laboratoire de Biostatistique, Faculté de Médecine de Strasbourg, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, 67085 Strasbourg Cedex, France
| | - Myriam Maumy-Bertrand
- L'Oréal Recherche & Innovation, 93601 Aulnay-sous-Bois, IRMA, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, 67084 Strasbourg Cedex, INSERM EA3430, Laboratoire de Biostatistique, Faculté de Médecine de Strasbourg, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, 67085 Strasbourg Cedex, France
| |
Collapse
|
16
|
Jung N, Bertrand F, Bahram S, Vallat L, Maumy-Bertrand M. Cascade: a R package to study, predict and simulate the diffusion of a signal through a temporal gene network. ACTA ACUST UNITED AC 2013; 30:571-3. [PMID: 24307703 DOI: 10.1093/bioinformatics/btt705] [Citation(s) in RCA: 6] [Impact Index Per Article: 0.5] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 12/22/2022]
Abstract
SUMMARY Temporal gene interactions, in response to environmental stress, form a complex system that can be efficiently described using gene regulatory networks. They allow highlighting the more influential genes and spotting some targets for biological intervention experiments. Despite that many reverse engineering tools have been designed, the Cascade package is an integrated solution adding several new and original key features such as the ability to predict changes in gene expressions after a biological perturbation in the network and graphical outputs that allow monitoring the spread of a signal through the network. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION The R package Cascade is available online at http://www-math.u-strasbg.fr/genpred/spip.php?rubrique4.
Collapse
Affiliation(s)
- Nicolas Jung
- INSERM UMR S_1109, Labex Transplantex, FMTS, Hôpitaux and Faculté de Médecine, Université de Strasbourg, 67085 Strasbourg Cedex and IRMA, CNRS UMR 7501, Labex IRMIA, Université de Strasbourg, 67084 Strasbourg Cedex, France
| | | | | | | | | |
Collapse
|