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Pablo-Marcos D, Siller M, Agüero J, Álvarez-Justel A, García-Fernández S, de la Fuente SV, Goicoechea P, Rodríguez-Lozano J, Ocampo-Sosa A, Lucas-Fernández J, Fariñas MC, Fernández J, Fraile-Ribot PA, Aracil B, Oteo-Iglesias J, Calvo-Montes J. Are GES carbapenemases underdiagnosed? An allelic discrimination assay for their accurate detection and differentiation. J Microbiol Methods 2023; 207:106694. [PMID: 36871870 DOI: 10.1016/j.mimet.2023.106694] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 09/09/2022] [Revised: 02/28/2023] [Accepted: 02/28/2023] [Indexed: 03/07/2023]
Abstract
GES (Guiana Extended Spectrum) carbapenemases belong to "minor class A carbapenemases" and its prevalence could be underestimated due to the lack of specific tests. The aim of this study was to develop an easy PCR method to differentiate between GES β-lactamases with or without carbapenemase activity, based on an allelic discrimination system of SNPs that encode E104K and G170S mutations, without need of sequencing. Two pair of primers and Affinity Plus probes, labeled with different fluorophores; FAM/IBFQ and YAK/IBFQ, were designed for each one of the SNPs. This allelic discrimination assay allows to detect in real time the presence of all type of GES- β-lactamases, being able to differentiate between carbapenemases and extended-spectrum β-lactamase (ESBL), through a quick PCR test that avoid costly sequencing approaches and could help to decrease the current underdiagnosis of minor carbapenemases that scape of phenotypic screenings.
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Affiliation(s)
- D Pablo-Marcos
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL, Santander, Spain.
| | - M Siller
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL, Santander, Spain
| | - J Agüero
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL, Santander, Spain
| | - A Álvarez-Justel
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL, Santander, Spain
| | - S García-Fernández
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL, Santander, Spain
| | - S Velasco de la Fuente
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL, Santander, Spain
| | - P Goicoechea
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL, Santander, Spain
| | - J Rodríguez-Lozano
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL, Santander, Spain
| | - A Ocampo-Sosa
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL, Santander, Spain
| | - J Lucas-Fernández
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Ramón y Cajal e Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria (IRYCIS), Madrid, Spain
| | - M C Fariñas
- Servicio de Enfermedades Infecciosas, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL, Santander, Spain; CIBER de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
| | - J Fernández
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Central de Asturias. Grupo de Microbiología Traslacional, ISPA, s, Asturias, Spain; CIBER de Enfermedades Respiratorias (CIBERES), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
| | - P A Fraile-Ribot
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Son Espases e Instituto de Investigación Sanitaria Illes Balears (IdISBa), Palma de Mallorca, Spain; CIBER de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
| | - B Aracil
- Laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria, Centro Nacional de Microbiología, Instituto de Salud Carlos III, Majadahonda, Madrid, Spain; CIBER de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
| | - J Oteo-Iglesias
- Laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria, Centro Nacional de Microbiología, Instituto de Salud Carlos III, Majadahonda, Madrid, Spain; CIBER de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
| | - J Calvo-Montes
- Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL, Santander, Spain; CIBER de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
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