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Fonseca H, da Silva TM, Saraiva M, Santolalla ML, Sant’Anna HP, Araujo NM, Lima NP, Rios R, Tarazona-Santos E, Horta BL, Cruz A, Barreto ML, Figueiredo CA. Genomic Regions 10q22.2, 17q21.31, and 2p23.1 Can Contribute to a Lower Lung Function in African Descent Populations. Genes (Basel) 2020; 11:E1047. [PMID: 32899814 PMCID: PMC7565985 DOI: 10.3390/genes11091047] [Citation(s) in RCA: 1] [Impact Index Per Article: 0.3] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Grants] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 06/30/2020] [Revised: 09/01/2020] [Accepted: 09/02/2020] [Indexed: 12/02/2022] Open
Abstract
Accumulated evidence supports the contribution of genetic factors in modulating airway function, especially ancestry. We investigated whether genetic polymorphisms can affect lung function in a mixed Brazilian child population using the admixture mapping strategy through RFMix software version 1.5.4 (Stanford University, Stanford, CA, USA), followed by fine mapping, to identify regions whereby local African or European ancestry is associated with lung function measured by the forced expiratory volume in the first second (FEV1)/forced vital capacity (FVC) ratio, an indicator of airway obstruction. The research cohort included 958 individuals aged 4 to 11 years enrolled in the SCAALA (Social Change, Asthma, Allergy in Latin America) Program. We identified that African ancestry at 17q21.31, 10q22.2, and 2p23.1 regions was associated with lower lung function measured by FEV1/FVC p < 1.9 × 10-4. In contrast, European ancestry at 17q21.31 showed an opposite effect. Fine mapping pointed out 5 single nucleotide polymorphisms (SNPs) also associated in our replication cohort (rs10999948, rs373831475, rs8068257, rs6744555, and rs1520322). Our results suggest that genomic regions associated with ancestry may contribute to differences in lung function measurements in African American children in Brazil replicated in a cohort of Brazilian adults. The analysis strategy used in this work is especially important for phenotypes, such as lung function, which has considerable disparities in terms of measurements across different populations.
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Affiliation(s)
- Héllen Fonseca
- Programa de Pós Graduação em Imunologia (PPGIm), Instituto de Ciências da Saúde, Universidade Federal da Bahia (UFBA), Salvador 40140-100, BA, Brazil; (H.F.); (M.S.); (R.R.)
| | - Thiago M. da Silva
- Departamento de Ciências Biológicas, Universidade Estadual do Sudoeste da Bahia, Jequié 45206-190, BA, Brazil;
| | - Mariana Saraiva
- Programa de Pós Graduação em Imunologia (PPGIm), Instituto de Ciências da Saúde, Universidade Federal da Bahia (UFBA), Salvador 40140-100, BA, Brazil; (H.F.); (M.S.); (R.R.)
| | - Meddly L. Santolalla
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil; (M.L.S.); (H.P.S.); (N.M.A.); (E.T.-S.)
| | - Hanaisa P. Sant’Anna
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil; (M.L.S.); (H.P.S.); (N.M.A.); (E.T.-S.)
| | - Nathalia M. Araujo
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil; (M.L.S.); (H.P.S.); (N.M.A.); (E.T.-S.)
| | - Natália P. Lima
- Programa de Pós-Graduação em Epidemiologia, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas 96020-220, Rio Grande do Sul, Brazil; (N.P.L.); (B.L.H.)
| | - Raimon Rios
- Programa de Pós Graduação em Imunologia (PPGIm), Instituto de Ciências da Saúde, Universidade Federal da Bahia (UFBA), Salvador 40140-100, BA, Brazil; (H.F.); (M.S.); (R.R.)
| | - Eduardo Tarazona-Santos
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil; (M.L.S.); (H.P.S.); (N.M.A.); (E.T.-S.)
| | - Bernardo L Horta
- Programa de Pós-Graduação em Epidemiologia, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas 96020-220, Rio Grande do Sul, Brazil; (N.P.L.); (B.L.H.)
| | - Alvaro Cruz
- ProAR, Faculdade de Medicina, Universidade Federal da Bahia (UFBA), Salvador 40060-330, BA, Brazil;
| | - Mauricio L. Barreto
- Centro de Integração de dados e Conhecimentos para Saúde (CIDACS), Fiocruz, Salvador 41745-715, BA, Brazil;
| | - Camila A. Figueiredo
- Departamento de Bio-Regulação, Instituto de Ciências da Saúde, Universidade Federal da Bahia (UFBA), Salvador 40110-902, BA, Brazil
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