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Fonseca PLC, Moreira FRR, de Souza RM, Guimarães NR, Carvalho NO, Adelino TER, Alves HJ, Alvim LB, Candido DS, Coelho HP, Costa AVB, Costa WC, de Carvalho AF, de Faria BWF, de Lima AB, de Oliveira ES, de Souza CSA, de Souza FG, Dias RC, Geddes VEV, Godinho IP, Gonçalves AL, Lourenço KL, Magalhães RDM, Malta FSV, Medeiros ELA, Mendes FS, Mendes PHBDP, Mendonça CPTB, Menezes AL, Menezes D, Menezes MT, Miguita L, Moreira RG, Peixoto RB, Queiroz DC, Ribeiro AA, Ribeiro APDB, Saliba JW, Sato HI, Silva JDP, Silva NP, Faria NR, Teixeira SMR, da Fonseca FG, Fernandes APSM, Zauli DAG, Januario JN, de Oliveira JS, Iani FCDM, de Aguiar RS, de Souza RP. Tracking the turnover of SARS-CoV-2 VOCs Gamma to Delta in a Brazilian state (Minas Gerais) with a high-vaccination status. Virus Evol 2022; 8:veac064. [PMID: 35996592 PMCID: PMC9384558 DOI: 10.1093/ve/veac064] [Citation(s) in RCA: 7] [Impact Index Per Article: 3.5] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Key Words] [Grants] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 01/11/2022] [Revised: 06/24/2022] [Accepted: 07/26/2022] [Indexed: 11/24/2022] Open
Abstract
The emergence and global dissemination of Severe Acute Respiratory Syndrome virus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern (VOCs) have been described as the main factor driving the Coronavirus Disease 2019 pandemic. In Brazil, the Gamma variant dominated the epidemiological scenario during the first period of 2021. Many Brazilian regions detected the Delta variant after its first description and documented its spread. To monitor the introduction and spread of VOC Delta, we performed Polymerase Chain Reaction (PCR) genotyping and genome sequencing in ten regional sentinel units from June to October 2021 in the State of Minas Gerais (MG). We documented the introduction and spread of Delta, comprising 70 per cent of the cases 8 weeks later. Comparing the viral loads of the Gamma and Delta dominance periods, we provide additional evidence that the latter is more transmissible. The spread and dominance of Delta did not culminate in the increase in cases and deaths, suggesting that the vaccination may have restrained the epidemic growth. Analysis of 224 novel Delta genomes revealed that Rio de Janeiro state was the primary source for disseminating this variant in the state of MG. We present the establishment of Delta, providing evidence of its enhanced transmissibility and showing that this variant shift did not aggravate the epidemiological scenario in a high immunity setting.
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Affiliation(s)
- Paula L C Fonseca
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Filipe R R Moreira
- MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, Exhibition Rd, South Kensington, London SW7 2BX, UK
- Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Av. Carlos Chagas Filho 373, Cidade Universitaria, Rio de Janeiro 21941-902, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Rafael M de Souza
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Natália R Guimarães
- Fundacao Ezequiel Dias, Rua Conde Pereira Carneiro 80, Gameleira, Belo Horizonte 30510-010, Minas Gerais, Brazil
| | - Nara O Carvalho
- Núcleo de Ações e Pesquisa em Apoio Diagnóstico-Nupad/Faculdade de Medicina/Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Av. Prof. Alfredo Balena 189, Centro, Belo Horizonte 30130-100, Minas Gerais, Brazil
| | - Talita E R Adelino
- Fundacao Ezequiel Dias, Rua Conde Pereira Carneiro 80, Gameleira, Belo Horizonte 30510-010, Minas Gerais, Brazil
| | - Hugo J Alves
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Luige B Alvim
- Instituto Hermes Pardini, Av. das Nações 2448, Distrito Industrial, Vespasiano 33201003, Minas Gerais, Brazil
| | - Darlan S Candido
- Department of Zoology, University of Oxford, 11a Mansfield Rd, Oxford OX13SZ, UK
- Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Av. Dr. Enéas Carvalho de Aguiar 470, Jardim América, São Paulo 05403000, São Paulo, Brazil
| | - Helena P Coelho
- Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Engenho Nogueira, Belo Horizonte 31310260, Minas Gerais, Brazil
| | - Alana V B Costa
- Fundacao Ezequiel Dias, Rua Conde Pereira Carneiro 80, Gameleira, Belo Horizonte 30510-010, Minas Gerais, Brazil
| | - Walyson C Costa
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Alex F de Carvalho
- Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Engenho Nogueira, Belo Horizonte 31310260, Minas Gerais, Brazil
| | - Bruna W F de Faria
- Secretaria Municipal de Saúde de Belo Horizonte, Av. Afonso Pena 2336, Funcionários, Belo Horizonte 30130-040, Minas Gerais, Brazil
| | - Aline B de Lima
- Instituto Hermes Pardini, Av. das Nações 2448, Distrito Industrial, Vespasiano 33201003, Minas Gerais, Brazil
| | - Eneida S de Oliveira
- Secretaria Municipal de Saúde de Belo Horizonte, Av. Afonso Pena 2336, Funcionários, Belo Horizonte 30130-040, Minas Gerais, Brazil
| | - Carolina S A de Souza
- Pan American Health Organization—PAHO, Av. Das Nações SEN, Asa Norte, Brasilia 70312970, Brazil
| | - Fernanda G de Souza
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Rillery C Dias
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Victor E V Geddes
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Igor P Godinho
- Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Engenho Nogueira, Belo Horizonte 31310260, Minas Gerais, Brazil
| | - Alessandro L Gonçalves
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Karine L Lourenço
- Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Engenho Nogueira, Belo Horizonte 31310260, Minas Gerais, Brazil
| | - Rubens D M Magalhães
- Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Engenho Nogueira, Belo Horizonte 31310260, Minas Gerais, Brazil
| | - Frederico S V Malta
- Instituto Hermes Pardini, Av. das Nações 2448, Distrito Industrial, Vespasiano 33201003, Minas Gerais, Brazil
| | - Eva L A Medeiros
- Subsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Rodovia Papa João Paulo II 4143. Edifício Minas Gerais, Cidade Administrativa, Serra verde, Belo Horizonte 31630900, Minas Gerais, Brazil
| | - Fernanda S Mendes
- Núcleo de Ações e Pesquisa em Apoio Diagnóstico-Nupad/Faculdade de Medicina/Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Av. Prof. Alfredo Balena 189, Centro, Belo Horizonte 30130-100, Minas Gerais, Brazil
| | - Pedro H B de P Mendes
- Fundacao Ezequiel Dias, Rua Conde Pereira Carneiro 80, Gameleira, Belo Horizonte 30510-010, Minas Gerais, Brazil
| | - Cristiane P T B Mendonça
- Instituto Hermes Pardini, Av. das Nações 2448, Distrito Industrial, Vespasiano 33201003, Minas Gerais, Brazil
| | - Andre L Menezes
- Secretaria Municipal de Saúde de Belo Horizonte, Av. Afonso Pena 2336, Funcionários, Belo Horizonte 30130-040, Minas Gerais, Brazil
| | - Diego Menezes
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Mariane T Menezes
- MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, Exhibition Rd, South Kensington, London SW7 2BX, UK
| | - Lucyene Miguita
- Departamento de Patologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Rennan G Moreira
- Centro de Laboratórios Multiusuários, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Renata B Peixoto
- Departamento de Bioquímica e Imunologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Daniel C Queiroz
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
| | - Adriana A Ribeiro
- Fundacao Ezequiel Dias, Rua Conde Pereira Carneiro 80, Gameleira, Belo Horizonte 30510-010, Minas Gerais, Brazil
| | - Ana Paula de B Ribeiro
- Fundacao Ezequiel Dias, Rua Conde Pereira Carneiro 80, Gameleira, Belo Horizonte 30510-010, Minas Gerais, Brazil
| | - Juliana W Saliba
- Pan American Health Organization—PAHO, Av. Das Nações SEN, Asa Norte, Brasilia 70312970, Brazil
| | - Hugo I Sato
- Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Engenho Nogueira, Belo Horizonte 31310260, Minas Gerais, Brazil
| | - Joice do P Silva
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
- Instituto Hermes Pardini, Av. das Nações 2448, Distrito Industrial, Vespasiano 33201003, Minas Gerais, Brazil
| | - Natiely P Silva
- Núcleo de Ações e Pesquisa em Apoio Diagnóstico-Nupad/Faculdade de Medicina/Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Av. Prof. Alfredo Balena 189, Centro, Belo Horizonte 30130-100, Minas Gerais, Brazil
| | - Nuno R Faria
- MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, Exhibition Rd, South Kensington, London SW7 2BX, UK
- Department of Zoology, University of Oxford, 11a Mansfield Rd, Oxford OX13SZ, UK
- Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Av. Dr. Enéas Carvalho de Aguiar 470, Jardim América, São Paulo 05403000, São Paulo, Brazil
| | - Santuza M R Teixeira
- Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Engenho Nogueira, Belo Horizonte 31310260, Minas Gerais, Brazil
| | - Flávio G da Fonseca
- Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Engenho Nogueira, Belo Horizonte 31310260, Minas Gerais, Brazil
| | - Ana Paula S M Fernandes
- Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Engenho Nogueira, Belo Horizonte 31310260, Minas Gerais, Brazil
| | - Danielle A G Zauli
- Instituto Hermes Pardini, Av. das Nações 2448, Distrito Industrial, Vespasiano 33201003, Minas Gerais, Brazil
| | - José Nélio Januario
- Núcleo de Ações e Pesquisa em Apoio Diagnóstico-Nupad/Faculdade de Medicina/Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Av. Prof. Alfredo Balena 189, Centro, Belo Horizonte 30130-100, Minas Gerais, Brazil
| | - Jaqueline S de Oliveira
- Subsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Rodovia Papa João Paulo II 4143. Edifício Minas Gerais, Cidade Administrativa, Serra verde, Belo Horizonte 31630900, Minas Gerais, Brazil
| | - Felipe C de M Iani
- Fundacao Ezequiel Dias, Rua Conde Pereira Carneiro 80, Gameleira, Belo Horizonte 30510-010, Minas Gerais, Brazil
| | - Renato S de Aguiar
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
- Instituto D’OR de Pesquisa e Ensino, Rio de Janeiro 22281100, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Renan P de Souza
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil
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